导读

从界门纲目科属种中截取科属部分和门部分。

一、输入数据

data.txt

taxon   sample_1    sample_2
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Actinomycetales;f__Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium 8   5
k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Clostridia;o__Clostridiales;f__Lachnospiraceae;g__Blautia  0   0
k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Clostridia;o__Clostridiales;f__Ruminococcaceae;g__Faecalibacterium 0   0
k__Bacteria;p__Firmicutes;c__Clostridia;o__Clostridiales;f__Lachnospiraceae;g__Coprococcus  6   1
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Actinobacteria;o__Bifidobacteriales;f__Bifidobacteriaceae;g__Bifidobacterium   5   11
k__Bacteria;p__Bacteroidetes;c__Bacteroidia;o__Bacteroidales;f__Bacteroidaceae;g__Bacteroides   7   2
k__Bacteria;p__Actinobacteria;c__Coriobacteriia;o__Coriobacteriales;f__Coriobacteriaceae;g__Collinsella 3   7
k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Gammaproteobacteria;o__Pseudomonadales;f__Pseudomonadaceae;g__Pseudomonas  31  67

二、截取科、属、门

思路：
1 strsplit切割，切割后的结果是列表格式，用unlist转成数组
2 用paste(c(), collapse="_")把菌科菌属粘贴到一起
paste(a, b, sep="")是另一种用法
3 门信息单独提取
4 利用循环把结果收集到new_name phylum

data = read.table("data.txt", header=T, sep="\t", row.names=1)

# 提取菌门、菌科、菌属
new_name=c()
phylum=c()
for(i in 1:length(rownames(data)))
{
    new_name = c(new_name, paste(unlist(strsplit(rownames(data)[i], "__|;"))[c(10, 12)], collapse="_"))
    # 提取菌科菌属
    phylum = c(phylum, unlist(strsplit(rownames(data)[i], "__|;"))[4])
    # 提取菌门
}

菌科_菌属：

new_name

phylum