刘邦马上命令韩信带兵东出，很快就平定三秦之地，刘邦率军继续东进。
萧何以丞相的身份留在后方，负责收服巴蜀，镇守安抚，发布政令，告谕百姓，为在前方作战的军队供给粮食兵员。
前203年（汉二年），刘邦联合诸侯一起攻打项羽，萧何留守关中，侍奉太子，在栎阳处理政务。
他制定各种法令制度，建立宗庙、社稷、宫殿、县邑，总是先向刘邦上奏报告，刘邦也总是予以批准，许他施行。
有时来不及上奏，就因利乘便，用最合适的方式先行办理，等刘邦回来再报告。
萧何在关中管理户口，通过水路和陆路转运军粮，供应前方的军队。
刘邦在战场上几次被项羽打败损失军队逃走，萧何经常征发关中的士卒，随时补充汉军的损失。刘邦因此把关中的事务专门委托给萧何。
前204年（汉三年），刘邦与项羽两支军队在京索之间对峙，刘邦多次派遣使者到关中去慰劳丞相。
鲍生对丞相萧何说：“君王在外，风餐露宿，却屡屡派人来慰劳您，这是起了怀疑您的心思。为您打算，您不如把自己子孙兄弟中能够作战的都派到前线军队中去，这样君王一定会更信任您。”
于是萧何听从了他的计策，将自己的子孙兄弟送到了前线参战，刘邦大为高兴。
前202年（汉五年），已经消灭了项羽，平定了天下，刘邦要评定功劳，进行封赏。
由于群臣争功，过了一年多仍然没把功劳的大小决定下来。
刘邦认为萧何的功劳最大，把他封为酂侯，给他的食邑很多。
功臣们都说：“我们亲自身披铠甲，手执兵器作战，多的打过一百多仗，少的也经历了几十次战斗，攻破敌人的城池，夺取敌人的土地，或大或小，都有战功。现在萧何没有立过汗马功劳，只不过靠舞文弄墨，发发议论，从不上战场，却反而位居我们之上，这是什么道理？”
刘邦说：“诸位懂得打猎吗？”
功臣们回答：“懂得。”
刘邦又问：“你们知道猎狗的作用吗？”
大臣答道：“知道的。”
刘邦说：“打猎的时候，追赶扑杀野兽兔子的是猎狗，能够发现踪迹向猎狗指示野兽所在之处的是猎人。现在你们诸位只能奔走追获野兽，不过是有功的猎狗。”
“至于萧何，他能发现踪迹，指示方向，是有功的猎人。何况你们都只是自己本人追随我，至多不过加上两三个亲属，而萧何全部宗族几十个人都跟随我，他的功劳是不能忘记的。”
群臣听了，都不敢再说什么。
列侯们都已受封完毕，等到要奏报排列的位次的时候。
大臣都说：“平阳侯曹参作战身受七十处创伤，攻破城池，夺取土地，功劳最多，应该位居第一。”
刘邦已经硬要功臣屈从自己，封给萧何很多食邑，到排定位次时，找不到理由驳倒功臣们的意见，但心里还是想让萧何居首。
关内侯鄂君进言说：“群臣的议论都是错误的。那曹参虽然有野战杀敌、夺取土地的功劳，这只不过是一时的事情。”
“其二陛下与项王相峙五年，几次因为战败而丧失军队，士卒逃散，单身逃走多次了。然而萧何总能从关中派遣士卒补充前线的军队，虽然没有得到陛下征召兵员的诏令，而在陛下危急的时候，他却能派遣几万士卒来到陛下身边，这也有多次了。”
“其三汉楚两军在荥阳对抗几年，军队没有现成的粮食，而萧何从关中水陆转运，供给粮食，从不匮乏。陛下屡屡把山东地区丢失给项羽，但萧何一直保全关中等待陛下，（让陛下可以运用关中的人力物力组织反攻，）这是万世不朽的功劳。”
“如今曹参这样的人即使少掉几百个，对汉朝来讲，算得了什么损失？汉朝有了这些人，也未必能靠他们得以保全。怎么能起意让一时的功劳凌驾于万世的功劳之上呢？（应该是）萧何为第一，曹参第二。”
刘邦说：“说得好。”于是就下令定萧何在功臣中位居第一，赐给他特殊的礼遇：可以带剑穿履上殿，入朝拜见时不必同别的臣下一样小步快走。
刘邦又说：“我听说进荐贤能的人应该得到重赏。萧何的功劳固然很高，但得到鄂君的申说才更加明显。”
于是依照鄂君原先所享关内侯的食邑，封他为安平侯。
这一天，对萧何的父子兄弟共十多个人全都给予封赏，使他们都有食邑。
又加封萧何食邑二千户，因为刘邦当年去咸阳服徭役时，唯独萧何比别人多奉送两百元。
