“会读质粒图谱才能用好质粒。”---启动子
启动子(promoter)顾名思义就是用来启动目的基因表达的一段DNA序列，位于目的基因前端，本身不被转录，是RNA聚合酶识别，结合和开始转录的一段序列。广义上来说是由启动子(结合位点)和操纵子(响应元件)两部分组成，大概长度为100-1000bp，是RNA酶和转录因子的结合位点。
转录因子：RNA聚合酶起始转录需要的辅助因子(蛋白质)，主要在真核细胞中
操纵子：讲功能相关基因集合成组以便于表达调控，这样一组彼此相邻，协同调控的基因串。
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启动子结构
原核生物启动子(Promoter)主要是三部分组成。
1. 转录起点：转录起始位点，CAT序列
2. -10序列/Pribnow框/TATAAT: 转录起始点上游10个碱基处(-10bp)，找到6个保守序列TATAAT，是Pribnow利用足迹法找到的一段RNA聚合酶结合序列，所以称为Pribnow框，主要影响DNA局部解链速度。
3. -35序列/Sextama框：转录起始点-35bp处另一个保守序列TTGACA，是RNA酶结合位点，主要影响RNA聚合酶结合速度。
不同的启动子结构是有差别的，有的极强启动子还会有UP元件，在-35bp上游区域；还有增强子等非典型的启动子元件。
真核生物启动子主要分为三类，分别对应细胞内的三种RNA聚合酶(RNA聚合酶I,II,III)和相关蛋白。与细菌相比，真核生物的RNA聚合酶不能独立结合到启动子上，需要依赖称为转录因子(TFIIX)的蛋白引导形成前起始复合物才能结合发挥作用。RNA聚合酶I和III启动子种类有限，常说的就是RNA聚合酶II，启动子种类多，基本由顺势元件组合而成。
1. 类别 I 启动子控制rRNA前提基因转录，由核心启动子和上游控制元件两部分组成。
2. 类别 II 启动子设计众多mRNA转录。主要由基本启动子，起始子，上游元件和应答元件组成。(1)基本启动子：序列中心为TATA框，是转录因子和RNA聚合酶II主要装配点；(2)起始子：起始位点处一保守序列，DNA在此处解开并开始转录；(3)上游元件：用来调控转录效率的元件，常见CAAT框，GC框和八聚体框等；(4)应答元件：转录激活因子与靶基因上应答元件相结合。
3. 类别III 启动子为RNA酶III所识别，涉及一些小分子RNA转录。
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启动子分类
根据启动子起始转录方式的不同可以分为以下三种。
1. 组成型启动子
基因表达不受时期，部位，环境影响，能够调控结构基因的表达基本定在一定程度，在不同的组织或部位上表达水平相差不多。
2. 组织特异启动子
该类启动子的调控作用使得基因在某些特定的器官或组织部位表达。
3. 诱导型启动子
在某些特定化学或物理信号刺激后，基因转录水平在诱导型启动子调控下大幅度上升，比如：光诱导，创伤诱导，热诱导等。诱导型启动子又分为人工构建的诱导型启动子，天然诱导型启动子，阻遏型启动子系统和激活启动子系统。
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常见启动子
1. 哺乳动物组成型启动子(广泛型启动子)
CMV(巨细胞病毒)，EF1α(延伸因子-1α)，SV40(猿猴空泡病毒)，CAG(巨细胞病毒增强子和鸡β-肌动蛋白启动子)，MSCV，UBC(泛素C)等，具体见下面表格，不同种类的启动子对应着不同的物种，可以保存需要的时候方便查找。
CMV作为最广泛使用的启动子，适用于肿瘤细胞，肌肉，内脏等体细胞或贴壁细胞的表达。
EF1α启动子适合干细胞，原代细胞，在常用的HEK293，弱于CMV。
CAG启动子在不少细胞系中，体细胞，造血细胞中有不错的表达效率。
2. 哺乳动物组织特异性启动子
Nanog，NES，K14，Hb9等等，这个太多了此处就不详细介绍了，感兴趣的可以自行查找学习。
3. 哺乳动物诱导型启动子
还有斑马鱼组成型/诱导型启动子，果蝇组成型/诱导型启动子等等。
4. 原核启动子
启动子主要用途描述表达备注
下面是列举几个常见的质粒，便于上面内容的理解和吸收。
这个质粒为pEF系列质粒，是EF-1α为启动子，后面跟着多克隆位点用于目的基因片段，后续加了myc和his标签，用于蛋白纯化和鉴定，此质粒能够在哺乳细胞中稳定转录表达，是组成型启动子。
此质粒为常用的pET系列，能够在原核生物中表达目的蛋白，红色圈中就是T7/lac启动子，多克隆位点处穿插着两个His标签，使用IPTG诱导，能够极大增强转录效率，使目的蛋白大量表达。注意的是在大肠杆菌中表达时，一定要选择合适的表达菌株，常用的如BL21(DE3).
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