Key words: genome infectious
Article type: articles
117 results, including 24 published in 2019, 22 published in 2018, and 14 in 2017.
1. Longitudinal, strain-specific Staphylococcus aureus introduction and transmission events in households of children with community-associated meticillin-resistant S aureus skin and soft tissue infection: a prospective cohort study
(前瞻性研究，菌株特异的金黄葡萄球菌，家庭传播，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌皮肤和软组织感染)
2012-2015，从St Louis州的医院收入培养阳性的社区发病的MRSA儿童队列（医院传播、医疗器械invasive或长期在监护机构监护的不算入内）。家庭接触者（每周在家睡觉多于4晚）和家养猫狗都算入内。家庭成员取3个部位，家养宠物取2个部位，家庭环境取21个地方检测。每年四个季度，每个季度监测一次。PCR分子分型，混合效应逻辑回归模型确定金黄色葡萄球菌感染的获得。
2. Quantifying risks and interventions that have affected the burden of lower respiratory infections among children younger than 5 years: an analysis for the Global Burden of Disease Study 2017
（全球研究，量化5岁以下儿童下呼吸道感染因素）
四种LRI（lower respiratory infections）建模的方法：LRI死亡情况用生存登记、人口统计和口头尸检建模，LRI的患病用代表性人口调查、健康看护和文献报道建模，LRI死亡因素是在反事实框架中建模的，LRI死亡趋势通过研究时间序列的暴露因素分析的。根据1990-2017年各地区的LRI严重情况将地区分组并比较。
3. Emergence of the Asian lineage of Zika virus in Angola: an outbreak investigation
（安哥拉出现和爆发的Zika病毒亚洲谱系调查研究）
方法：医院常规虫媒病毒PCR检测中，确诊的zika病毒感染人群中，测了3个zika感染阳性的病毒基因组，其中一个病人是新生儿小头畸形。做基因组分析和溯源。小头畸形的还做了脑MRI和CT，和血清学检测来评估他的感染情况。
结果：血清样本：54个疑似Zika病毒感染患者，76个疑似小头畸形患儿，24个小头患儿的母亲和336个登革热病毒或基孔肯雅病毒感染的患者，349个HIV患者，逆转录PCR检测。2016年12月-2017年6月之间检测出4例Zika阳性患者。分析zika基因组，安哥拉的zika可能是2015年7月到2016年6月之间从巴西引入的，并造成局部传播，一直流行到2017年6月。小头畸形患者的CT和MRI表明，脑部异常与先天zika症状一致，并且存在zika的血清型证据。
4. Evolution and expansion of multidrug-resistant malaria in southeast Asia: a genomic epidemiology study
（多耐药疟疾在东南亚的进化和扩张：基因组流行病学研究）
2008-2013年，一种合并型的多耐药疟疾（KEL1/PLA1）在柬埔寨扩散，frontline combination therapy dihydroartemisininpiperaquine治疗失败率特别高。
方法：分析了2007-2008年柬埔寨、老挝、泰国东北和越南的疟原虫感染临床样本。另外还整合了追踪青蒿素抗性协作II（TRAC2）和大湄公河次区域基因侦察（GenRe-Mekong）项目两个项目的没发表的数据。分析不同地区的基因组关联性，发现了KEL1/PLA1人群疟疾的共同祖先。
结果：分析了1673个全基因组数据，在1615个基因组里找到了KEL1/PLA1.2009年之前，只有柬埔寨西部有这种型，16-17年间，这种型别的流行度提高了50%，除了老挝以外，其他地方都有了。泰国东北和越南的该型超过了其他型的80%。KEL1/PLA1型具有高度的遗传相似性和低diversity，反应出他们来自同一个来源。最近又出现了一些亚型，具有不同的地区分布特征。自2016年以后，三个最大的亚型都出现在了柬埔寨、老挝和越南且数量不少。这种亚型扩张携带了crt基因的一些新的突变，具有特定的遗传背景，四个新出现的crt突变在以前是没有的，而在16-17年开始流行(Thr93Ser, rising to 19·8%; His97Tyr to 11·2%; Phe145Ile to 5·5%; and Ile218Phe to 11·1%).
方法详细：血样中提取DNA，扩增，二代测序，每个测1 043 334条reads。单位点覆盖度5×以上才算基因型，2条reads以下的位点都扔掉。50×以上的也扔掉。一共用于分析的是56026个SNP，还去掉了FWS<0.95的样本，最后1673个样本用于后续分析。。。。后续分析还没看。
5. Characterisation of infectious Ebola virus from the ongoing outbreak to guide response activities in the Democratic Republic of the Congo: a phylogenetic and in vitro analysis
（刚果共和国埃博拉病毒研究：系统发育和体外研究）
2018年7月开始，刚果Ituri and North Kivu省爆发了第二次埃博拉，已经采取了治疗和疫苗措施，该研究目的是检测候选治疗方法的有效性，和诊断方法的功效。这次爆发没有找到一个病毒分离株，因此比较的是重组的Ituri埃博拉病毒和13-16年爆发的Makona病毒的工程株。
方法：利用国家给的埃博拉病毒和反向遗传学系统，研究出了一个Ituri and North Kivu爆发的病毒。进行系统进化研究。还评价了实验疗法，包括remdesivir and ZMapp单克隆抗体，细胞培养实验能够抑制埃博拉的生长。还评价了检测埃博拉序列的检测方法。
6. An international outbreak of Salmonella enterica serotype Enteritidis linked to eggs from Poland: a microbiological and epidemiological study
（来自波兰的鸡蛋相关的沙门氏菌的国际爆发：微生物学和流行病学研究）
欧盟和欧洲经济区（EEA）的一次大型多国暴发性肠炎沙门氏菌肠炎沙门氏菌
方法：一个确诊病例定义为：实验室WGS确认感染了爆发的沙门株（爆发时间2015.5.1-2018.10.31期间）；一个可能的病例定义为：实验室multiple-locus variable-number tandem repeat analysis确认感染了爆发的沙门株。多个国家之间都做了流调、追溯和环境调查。case-control study，做了确认病例，可能病例和对照（年龄、性别和地区都有考虑在内的因素）。计算了odds ratio和逻辑回归。
结果：2016年18个欧盟和欧洲经济区国家一共确诊了838个病例，371个可能病例，此后这个病例数量稳定增长。case-control study表明cases more often ate in food establishments than did controls？？但没有明确具体食物。用食物去回溯感染，发现主要来自于2016年10月的波兰鸡蛋。系统进化研究鉴定了两株沙门菌，并且在沙门阳性的鸡蛋和波兰的主要生产场所也都找到了这个菌，确认了爆发来源。采取措施以后，患者数量有减少，但是2017年3月又一次增长了，一直持续到2018年。。。。
注意的采样参数：For each case, four controls were randomly sampled from the population registry and frequency matched by age, sex, and postal code. Participants were given a questionnaire to collect information on exposures (including travel history; outlets where groceries were purchased; consumption of various meat, vegetable, dairy, and egg products; eating in food establishments; and contact with animals) in the past 7 days.
7. Medical countermeasures during the 2018 Ebola virus disease outbreak in the North Kivu and Ituri Provinces of the Democratic Republic of the Congo: a rapid genomic assessment
又是刚果俩省的埃博拉，医疗对策，一个快速的基因组评价方法
目标序列富集再测序的方法，完成了埃博拉病毒的编码区完成图。可用它做抗体和检测。
8. 2018 Ebola virus disease outbreak in Équateur Province, Democratic Republic of the Congo: a retrospective genomic characterisation
（刚果Équateur省2018年的埃博拉爆发，回顾性基因组特征研究）
方法：目标序列富集测序，整合Genbank上的埃博拉基因组，构建最大似然树。
结果：做出了16个近似完成的埃博拉基因组，进化树上和Genbank上下载的1101株分离开，表明是不一样的埃博拉，命名为“Tumba”。这个Tumba进化率较低。发现了一些新的assay区，和抗性区，还发现了9个表面糖蛋白上有aa改变，其中一个造成了抗体结合率降低。
9. Internal migration and transmission dynamics of tuberculosis in Shanghai, China: an epidemiological, spatial, genomic analysis
（上海传播：空间流行病学和基因组学研究（高谦倒数第二通讯））
方法：基于人群的结核培养阳性的研究，上海松江。VNTR分不开的cluster用全基因组测序能区分开。研究了居住地和患病风险的关系。最后用空间流病和基因组学评估了在迁居人群和定居人群的感染和传播时间。
结果：2009年1月1日到2015年12月31日，1620个结核阳性病例，1211个都是迁居人群。VNTR很像的之间SNP数量都在10个以内。住的近的菌的相似性比住的远的高。最后推测定居传给迁居的，和迁居传给定居的一样常见，2/3的迁居人是迁居以后从当地获得的结核。
详细设计：15岁以上的具有结核症状的都纳入（包括咳嗽2周以上，发热，胸痛，掉秤，夜晚盗汗和胸片不正常）。监狱患者不纳入内。松江地区所有的医院和健康护理中心都纳入，所有病人都纳入。病人取痰样（spot, early morning, and night），不能自主咳痰的有引导系统。然后上海CDC处理样品并做异烟肼和利福平耐药。流调信息是确诊结核后一周内完成收集，内容包括：居住地址，原籍和地址，密切接触的人，接触过的结核患者，和去过的可能有传播的地方。
10. Origins of the current outbreak of multidrug-resistant malaria in southeast Asia: a retrospective genetic study
（回顾性研究：东南亚多耐药疟疾的起源和近期爆发）
第一次发表的疟疾耐药文献是2013年柬埔寨发的，分析的是柬埔寨西部近来六年的遗传改变。
方法：取了2007-2013年11个东南亚地区的1492个恶性疟原虫和柬埔寨西部的464个恶性疟原虫样本。对kelch13青蒿素耐药位点和纤溶酶2–3哌喹喹耐药位点的单倍型进行分析，找到了不同的流行起源。
结果：找到了超过30个独立的青蒿素耐药起源，其中KEL1谱系的最多。2008年KEL1联合PLA1一起出现，成为青蒿素耐药的主要株，到2013年这种耐药株西柬埔寨已经增多到63%并蔓延到了北柬埔寨。
详细设计：2010-2013年在柬埔寨三个省收集了497株疟原虫菌，此时也出现了青蒿素和哌喹的耐药。测序了464个，再联合其他地区和时间点的样本，一起测序。
11. A cluster of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis among patients arriving in Europe from the Horn of Africa: a molecular epidemiological study
（非洲迁到欧洲的一组多耐药结核：分子流行病研究）
早前有4个人被诊断为多耐药结核，于是4月29日和5月30日，瑞士和德国分别发起了结核爆发调查。在这里，用24个mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat (MIRU-VNTR)位点定义爆发病例，和异烟肼，利福平，乙胺丁醇，吡嗪酰胺和毛霉素的耐药和耐药位点。后又测了这批菌株，并用5个SNP来给爆发病例聚类。流调数据是来自欧洲CDC的。
结果：2016年2月12日到2017年4月9日，欧洲7个国家的29个病人诊断是多耐药结核，他们全都是来自非洲之角和苏丹的人，且SNP差异就2个甚至更少。22个病人说了他们的旅行路线。用VNTR的方法，进一步找出了29个在爆发之前就有的来自非洲之角的病例，但是他们的SNP就跟这次爆发的相差了至少5个SNP。但是这58个都有tlyA突变的毛霉素耐药。
详细设计：没啥特别的筛选，发现多耐药之后就好好的做了收集和监控，能用的菌株都测了。
12. Early transmissible ampicillin resistance in zoonotic Salmonella enterica serotype Typhimurium in the late 1950s: a retrospective, whole-genome sequencing study
（1950年后期的人畜共患沙门氏菌血清型鼠伤寒的氨卡青霉素耐药性传播）
氨卡青霉素是第一个半合成的青霉素，能够治疗肠杆菌科的药物，于1961年上市。第一次发现氨卡青霉素耐药的沙门氏菌鼠伤寒血清型是1962年和1964年在UK发现的。这篇目标去追究历史上沙门氏菌鼠伤寒血清型的耐药历史。
方法：288个沙门氏菌鼠伤寒血清型的菌二代测序，这些菌株是收集于1911-1969年4个大洲31个国家的不同来源的菌株，来源包括人，动物，饲料，食物。所有的菌株都做了耐药性实验（disc diffusion method？）。为了研究这个菌的人群结构和氨卡青霉素耐药机制，研究了其中的225株。
结果：288株早期菌里只有11株是氨卡青霉素耐药的，他们含有不同的beta内酰胺基因blaTEM-1（质粒耐药基因），这11株还是来自三个不同的系统进化分支。一个产TEM-1 beta内酰胺酶的菌来自1959年的法国，还有俩来自1960年的突尼斯，而抗生素那时候还没上市。认为这些菌的耐药跟1960年英国的耐药爆发不一样。
详细设计：从288里面选择225的时候，尽可能的覆盖更多的来源，时空和遗传多样性。
13. Global outbreak of severe Mycobacterium chimaera disease after cardiac surgery: a molecular epidemiological study
（全球爆发的心脏手术后嵌合分枝杆菌疾病）
2013年以来欧洲和美国有超过100例嵌合分枝杆菌发生，能污染暖气散热器单位（heater–cooler units，HCU）
方法：收集了瑞士、德国、挪威、应该的24个菌，218个来自LivaNova UK和Maquet 德国的不同类型HCU的嵌合菌，以及不相关的环境来源和人来源的菌，以及8种胞内分枝杆菌。二、三代都测了。
结果：250个菌分两大群。心脏手术相关的病人的菌全部分在group1，又分一个大的亚群，主要包含的是美国的心脏手术病人，英国的HCU。其他HCU和不相关病人分散在树上。
详细设计：心脏手术相关的2015年7月1日以后的菌都收集了。作为比较，收集了肺部或弥散的嵌合分枝杆菌病的菌，这批人有足够的临床证据表明他们没有过开心脏的手术。环境菌包括水和空气中的菌，或者其它用水的设备上的菌。生产HCU的地方也采了菌。三代测了两株嵌合菌，然后二代数据map到拼好的三代上分析的。
