构架索引
--genome=HAZ 生成索引的目录
--nthreads=100 线程数
--fasta=/media/oilseed/BigGuy/jjy/home/genome/HAZgenome/Bna.genome.fa 参考基因组fa
--genes=/media/oilseed/BigGuy/jjy/home/genome/HAZgenome/Bna.gtf 参考基因组gtf
比对定量
cellranger count
--id=HAZ 样本名(唯一性)
--transcriptome=/media/oilseed/BigGuy/jjy/singlecell/ref/HAZ/ 上一步创建的索引的目录名
--fastqs=/media/oilseed/BigGuy/jjy/singlecell/ 下机数据的目录名
--localcores=80 内核
--localmem=100 内存