主营业务:
1,python相关的流程搭建或指导。
批处理数据,文本文件,python处理Excel文件
fastq格式介绍,文件提取处理等。
生信入门指导
2,脚本处理
拆分fastq,数据质控,过滤,比对结果分析等。
3, R语言
R的安装(有/无root权限),R包的安装,死磕各种疑难杂症
--ggplot2画图等
--bioconductor包等
--生物统计类分析(ANOV等)
4,linux系统相关的
最头疼的生物信息学软件安装,数据库下载等。
常用linux操作命令(awk,sed,grep)使用方法及快捷方式
磁盘管理,网络,进程,文件,系统配置,防火墙等操作。
熟悉docker 容器化技术,熟练镜像的相关操作。
了解shell 脚本
系统重装(windows,ubuntu,centos),善于解决各种疑难杂症。
搭建VPS等(远程访问公司服务器)
系统的维护(等)
5,常用生信软件介绍,
bwa,dropEst,indrops,Mixcr,Bowtie2,samtools,cellranger 等,详见本人简书笔记。
6,单细胞数据分析
单细胞 RNA-Seq:10x Genomics 数据分析, 包括聚类cluster,PCA降维,doublets检测,UMAP图,heatmap图
单细胞 TCR-Seq:vdj cdr3重构。TCR pair ,clonotype
7,常规的组学分析
外显子组WES(GATK pipeline), 转录组Bulk-RNAseq,small RNAseq, 全基因组WGS,
8,还喜欢折腾软路由(OpenWrt ),家庭组网等网络设备。
9,折腾网站开发,采用python+Django+mysql+bootstrap为公司开发了一个小工具网,写了好几个小工具给实验同事用。
免费的哦!
生物信息数据处理。
主要目的是熟悉业务,强化个人能力,促进行业交流。
使用docker, WDL搭建分析流程等。
20220630更新:
PS: 虽然是免费的,但是希望你也能带给我一些我不懂的知识,毕竟术业有专攻。
陆续有好多人加我,免费给写了好多脚本了,也感谢那些为知识付费的同学。
还有人问有没有一对一的入门培训,正在设计一个一对一的生信入门课程,给初学者专门长期一对一解答问题。想参与体验的可以加我,都是免费的。
创建于20200801,后续完善。