常用命令 遵循语法 遵循语法！！
- 系统命令
命令名称 功能 备注 ps -ef 查看运行程序 sleep 100 & 后台运行服务器 ps -ef grep sleep 查看后台挂在程序 ls table pwd list，补全，pathway of work directory 用100遍以上 echo 内容打印到屏幕上 --help 长参数 某一个命令的说明书 top 查看后台程序 - 文本及目录命令
命令 功能 备注 ls {-a，-l，-t，-h，-r} 以各种参数显示文件基本信息 同时多个可以一起打 如 -trh mkdir { -p} 创建目录或者嵌套目录 rmdir -r 删除文件及文件夹 touch 创建一个文本
- 对 文本的编辑
| 命令 | 功能 | 备注 |
|---|---|---|
| cat | 瞄一眼 | 其实是查看全部，适用于小文件, -n 显示行号 |
| less/more | 分屏查看 | 类似于看word 的一页 |
| head；tail | 查看前4行 | |
| > | 重定向 | 功能感觉像把结果另存为，但是意思是清空后再输入 |
| >> | 追加 | 就是在> 之后再加内容 |
| vi | 对文本进行编辑 | |
| i | 进入 vi 之后 进行输入 | :wq 退出并保存 |
| | | 管道符号 | 一条指令的output 作为下一条指令的input |
-
linux 4.学习笔记 去可视化（主要是思路转换，找优势）
- ls company/* 可以列出
- echo 内容打印到屏幕上
- cat > error.txt 在屏幕上进行文件输入，ctrl + C退出
-
linux 5. 文本处理
- wget 网页上下载文件
- man wget 查看wget 的帮助手册
- head -1 test.txt 命令，选项，参数
- wc word count
- more 查看更多，
- less -NS
- cut -f 1 test.txt 此处-f 是field=list 指域，是列的意思，取第一列，此处的逻辑就是从 test.txt 中取出第一域field=list，但并没有改变原文件，然后在屏幕上输出结果
grep sed awk 三者的功能都是处理文本，但侧重点各不相同，其中属awk功能最强大，但也最复杂。grep更适合单纯的查找或匹配文本，sed更适合编辑匹配到的文本，awk更适合格式化文本，对文本进行较复杂格式处理。
- 文本 编辑链接，纤细说明了以上三驾马车的功能，【要看三遍，如果命令有相似功能，大概知道每个命令的优势和不足】
-
linux 5. 软件安装
- ls 调出的时候 出现颜色 是因为默认加载了 .bashrc, 这样 因为在.bashrc 设置了 alias
.bashrc
The individual per-interactive-shell startup file.
这个文件主要保存个人的一些个性化设置，如命令别名、路径等。下面是个例子： # User specific aliases and functions
PATH="/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/sbin"
LANG=zh_CN.GBK
export PATH LANG
alias rm='rm -i'
alias ls='/bin/ls -F --color=tty --show-control-chars'
例子中定义了路径，语言，命令别名（使用rm删除命令时总是加上-i参数需要用户确认，使用ls命令列出文件列表时加上颜色显示）。
每次修改.bashrc后，使用source ~/.bashrc（或者 . ~/.bashrc）就可以立刻加载修改后的设置- gzip ~/.barshrc 压缩 # 默认压缩之后不保存原文件
- gzip ~/.barshrc > .barshrc.gz
- gunzip ~/.barshrc 解压缩，
- tar 需要 识别后缀名来选命令
- tar -cvf tar -xvf 打开包； tar -zcvf .tar.gz 创建包，tar -zxvf .tar.gz ; tar -jxvf .tar.bz2 创建包；tar -jxvf .tar.bz2 打开包 #vf 是每个必须的；
- wget http..... #下载软件压缩包，
- tar -j/z xvf filename.tar.bz2/tar.gz
- make 结束
- conda 推荐使用 ###好用；
1、configure，这一步一般用来生成 Makefile，为下一步的编译做准备，你可以通过在 configure 后加上参数来对安装进行控制，比如代码:./configure –prefix=/usr 意思是将该软件安装在 /usr 下面，执行文件就会安装在 /usr/bin （而不是默认的 /usr/local/bin),资源文件就会安装在 /usr/share（而不是默认的/usr/local/share）。同时一些软件的配置文件你可以通过指定 –sys-config= 参数进行设定。有一些软件还可以加上 –with、–enable、–without、–disable 等等参数对编译加以控制，你可以通过允许 ./configure –help 察看详细的说明帮助。
2、make，这一步就是编译，大多数的源代码包都经过这一步进行编译（当然有些perl或python编写的软件需要调用perl或python来进行编译）。如果 在 make 过程中出现 error ，你就要记下错误代码（注意不仅仅是最后一行），然后你可以向开发者提交 bugreport（一般在 INSTALL 里有提交地址），或者你的系统少了一些依赖库等，这些需要自己仔细研究错误代码。
3、make insatll，这条命令来进行安装（当然有些软件需要先运行 make check 或 make test 来进行一些测试），这一步一般需要你有 root 权限（因为要向系统写入文件）。
Linux的用户可能知道，在Linux下安装一个应用程序时，一般先运行脚本configure，然后用make来编译源程序，在运行make install，最后运行make clean删除一些临时文件。使用上述三个自动工具，就可以生成configure脚本。运行configure脚本，就可以生成Makefile文件，然后就可以运行make、make install和make clean。
- linux 7. 环境变量
- 三种方式（以调用bowtie2）为例
- 1，可以创建一个新的变量 bowtie2=/home/user/bowtie2 #等号后边的必须为可执行，使用时候 必须用 $调出一个变量；
- 2，alias bowtie2="/home/user/bowtie2" 使用时 直接调用bowtie
- 3，添加环境变量 在定制化的.barshrc 里边添加 一个新的export ； 路径默认以：分开
export path="$PATH:/home/user/bowtie2/bowtie3.4.4.1/"
但上边的操作会存在问题，因此此次添加是一次性的，如果需要永久添加的话 需要启用 .barshrc
- cat >> /.barshrc 一行路径
- cat .barshrc | tail 看一下最后一行 有没有追加成功，然后source 一下 .barshrc 就会永久有效；有个缺点没办法 看这个的版本；
学习软件的使用的时候 会有一个 example文件夹
- bowtie2 是用来比对的，通过--help 来看例子的说明，
比对需要参考基因组，索引 和测序序列；索引需要大小和方向的， /public/reference/index
- linux 8 脚本编程
shell 脚本变成很严格，注意空格 - 参数，通配符-批量处理很重要， 标准头文件，
- for i in {}；do echo xxx{i};done
复习总结
- 赋值变量的时候 文本需要加 “” 数值不要加，
- 快速匹配 用tab ，返回行首行尾 用fn+hone/end
后期学习
- 不断练习讲课的命令内容
- 看一下命令的解释
- md5sum？
- 如何学习软件的用法，example
-通配符 学习 - shell 脚本编程 1-10章节； 看5遍以上；
-标准头文件 - 遗留问题
通配符 . 的匹配功能 ，find 的功能怎么用，
这里可以加注释 # `我`
| start | end |
|---|
