[TOC]
安装环境
Ubuntu18.10
https://github.com/MG-RAST/DRISEE
按照这里的流程安装
perl 我记得安装过了
Python是3.6
pip install numpy==1.7.1也安装成了。
但是到了qiime的安装就遇到了问题。
pip to install qiime
下载了一段时间后，问题是这样的
pip3 install qiime
Collecting qiime
Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/a2/9e/094c330d85e6d519f643f6c6381a575df7a09f1f9bcd59bddbfbdd1a8506/qiime-1.9.1.tar.gz
Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/tmp/pip-build-orkd_3a4/qiime/setup.py", line 363
if all([e not in sys.argv for e in 'egg_info', 'sdist', 'register']):
^
SyntaxError: invalid syntax
初步怀疑是Python版本太新了。下面网址里的安装介绍，说明是Python版本问题。
QIIME安装说明文档：http://qiime.org/install/install.html
里面有这句话：
QIIME consists of native Python 2 code and additionally wraps many external applications. These instructions describe how to perform a base installation of QIIME using Miniconda.
QIIME由原生Python 2代码组成，另外还包含许多外部应用程序。 这些说明描述了如何使用Miniconda执行QIIME的基本安装。
