本文参考“Gromacs官方手册-李继存老师翻译版”。
GROMACS 可以计算任何已定义原子组之间的短程非键相互作用能。需要注意的是，这个量既不是自由能，也不是结合能。事实上，大多数力场进行参数化时都没有保证这个量实际上具有物理意义。如果力场进行参数化时没有考虑这个方面，所得的值可能没有实际的物理意义。CHARMM力场参数化的目标明确包括了所有物种与水的量子力学相互作用能，所以它本质上与有意义的量进行了平衡，因此所得的相互作用能可以作为有意义的量。但是，不应该将这个量与“结合能”或任何形式的自由能混淆。它只是体系势能的分解，仅包括所选原子组之间的非键项。
下面记录过程：
（1）需保证蛋白小分子复合物已经过完整的mdrun，并建议新建一个文件夹进行以下工作。创建一个新的.mdp文件（可以复制md.mdp），并在文件中添加以下内容：
energygrps = Protein Mol
得到新的.mdp文件命名为ie.mdp，如下图所示：
ie.mdp
（2）使用新的
ie.mdp文件创建一个新的.tpr文件：gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ie.tpr（3）使用
-rerun选项调用mdrun，重新计算已有模拟轨迹的能量：gmx mdrun -deffnm ie -rerun md_0_10.xtc -nb cpu
注意:使用-deffnm来读取ie.tpr并将所有输出文件写入以ie.*为名称的文件。-rerun选项指定你希望重新计算能量的轨迹的名称。-nb cpu指示mdrun只在 cpu 硬件上运行，而忽略任何可用的GPU，因为这种类型的计算不能在GPU上执行。
（4）使用energy模块提取感兴趣的能量项。如静电相互作用力-库仑力为Coul-SR:Protein-mol(20)和范德华力为LJ-SR:Protein-mol(21)。
分别输入后回车，输入0退出。
gmx energy -f ie.edr -o interaction_energy.xvg
若想得到总作用力，则需要输出两者后，在Excel中进行计算加和两项，并重新生成两列数据，即第一列为时间，第二列为总相互作用力。在Origin中进行可视化。
若有两组数据，保留时间列，将两组数据的总相互作用键入Origin中，即可进行比较。
