GBLUP 来自SNP-BLUP
VanRaden's G
所以GBLUP为(出现在大约2009年):
多性状的GBLUP
可靠性
GREML, G-Gibbs
GBLUP 等于 SNP-BLUP
其中的blending和tuning作用
其中tuning
其中的Metafounders方法是目前较好的一种方法
tuning 平均值:
tuning 方差:
Tuning平均值和方差同时(Blupf90默认设置):
Blending
应该先tuning,再blending
确定新的Metafounder
单一Metafounder
应该将A调整为适合G:
Metafounder的关系
但是什么是基因组genomic(加性)关系?
系谱关系矩阵- A
基因组矩阵-G
来自VanRaden(2007, Interbull)
gene content的协方差(看为一个性状)
pi的使用
G的一些特性
注意两个个体之间的关系为负值时,是可能存在的(不能设为0)
负值这意味着个人 i 和 j 比数据中的平均个人对更远
一个真实例子:
IBS在marker之间的关系
IBS和IBD
标记处的 IBS (𝐺𝐼𝐵𝑆𝑖𝑗) 是真实IBD(Rij) 的常用估计量