GBLUP 来自SNP-BLUP
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VanRaden's G
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所以GBLUP为(出现在大约2009年):
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多性状的GBLUP
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可靠性
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GREML, G-Gibbs
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GBLUP 等于 SNP-BLUP
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其中的blending和tuning作用
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其中tuning
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其中的Metafounders方法是目前较好的一种方法
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tuning 平均值:
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tuning 方差:
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Tuning平均值和方差同时(Blupf90默认设置):
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Blending
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应该先tuning,再blending
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确定新的Metafounder
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单一Metafounder
应该将A调整为适合G:
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Metafounder的关系
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但是什么是基因组genomic(加性)关系?
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系谱关系矩阵- A
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基因组矩阵-G
来自VanRaden(2007, Interbull)
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gene content的协方差(看为一个性状)
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pi的使用
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G的一些特性
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注意两个个体之间的关系为负值时,是可能存在的(不能设为0)
负值这意味着个人 i 和 j 比数据中的平均个人对更远
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一个真实例子:
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IBS在marker之间的关系
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IBS和IBD
标记处的 IBS (𝐺𝐼𝐵𝑆𝑖𝑗) 是真实IBD(Rij) 的常用估计量
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我们应该使用哪种等位基因频率?
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