Integrative phylogenomics positions sponges at the root of the animal tree
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adw9456
整合系统发育组学将海绵置于动物树的根部
确定海绵还是掸鱼根基动物树对理解早期动物进化具有重要意义。本研究通过构建包含海绵、櫉鱼、刺胞动物、双侧动物及多种动物亲缘序列的大型且高度信息量的数据矩阵，探讨了对这些竞争假设的支持。新数据矩阵和10个已发布数据集通过785次拓扑学检验进行了分析，采用整合系统发育组学，该方法统一了连接和融合，以识别具有一致系统发育信号的基因。所有490项统计学显著的检验均支持海绵-姐妹假说，且无一项支持掸-姐妹假说;其余295场测试赛均未分胜负。这些结果为海绵-姐妹假说提供了有力证据，并表明整合系统发育组学为解开生命树中的分支提供了一种稳健且有力的方法。
Marine biogeochemical nitrogen cycling through Earth’s history
https://www.nature.com/articles/s43017-024-00591-5
海洋生物地球化学氮循环 地球历史
地球的海洋氮循环随着地质时间与生命和氧化还原条件共同演化。在本综述中，我们介绍了过去~4亿年间全球海洋中从生命诞生至今的氮循环过程。沉积岩中的稳定氮同位素，结合其他代理指标，提供了氮循环对生命出现、供氧事件、重大气候扰动和大规模灭绝事件的响应甚至可能调节的证据。在氮固定技术出现之前，生物可利用氮是通过闪电、光化学反应、陨石撞击和热液作用等过程提供的。微生物N的出现2凝视促进了生态系统的扩展。新元古代（1000–541 马万年前）建立的海洋硝酸盐储层，可能使真核藻类主导了海洋初级生产力。显生宙氮循环在1亿年时间尺度上的转变与冰屋到温室的条件相关。短暂的扰动发生在大灭绝和缺氧事件期间，这些事件与进化变化、气候极端和海洋停滞有关。陆地生物圈对全球海洋氮循环的影响仍未得到充分解答，未来研究应予以探讨，以解答关于地球历史上营养物质可用性时空趋势的悬而未决问题。
Phenotypic signatures of incomplete lineage sorting in hominids
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169534725002940
不完全谱系分选（ILS）在快速辐射的谱系中引发广泛的基因组不一致，但其表型影响仍不充分。在人类中，超过30%的人类基因组因ILS支持相互冲突的系统发育树，影响众多具有形态功能的基因。我们提出了一种基于性状的方法，结合比较形态学、种群基因组学和功能实验，以识别和验证受ILS影响的类人性状，通常被解释为趋同适应。在颅面和阑尾骨骼中，系统发育不一致的性状较为常见，凸显了ILS研究和确定偏差的重点领域。这种方法需要协作模型弥合非人类古人类研究中的形态学和基因组数据空白，揭示塑造大型类人猿进化的力量，并为探索ILS在不同分类群中的影响制定路线图。
The genetics, evolution, and maintenance of a biological rock-paper-scissors game
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adw8265
侧斑蜥蜴（Uta stansburiana）玩着一种生物学上的石头剪刀布游戏，三种不同颜色的雄性变异体采用不同的交配策略。我们确定了这一多态性的遗传基础，此前该多态性被认为由三个位点的等位基因产生。橙色篡夺型和蓝色配偶守护型态在sepiapterin还原酶基因的调控区与两种不同的单倍型相关，但黄色运动鞋型似乎通过表型可塑性产生，且与蓝色型态具有相同的遗传背景。我们的模拟表明，石头剪刀布动态比三等位基因系统更能维持两个等位基因加可塑性的遗传系统多态性。这种结合遗传决定与表型可塑性的平衡选择方式，扩展了自然界中稳定多态性产生的可能性。
Adaptive spread of a sexually selected syndrome eliminates an ancient color polymorphism in wall lizards
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adx3708
适应性传播性选择综合征消除了壁蜥的一种古老色多态性
遗传决定的颜色形态存在于许多动物中。如果竞争性相互作用允许每种变异在罕见情况下增加频率，则多态性可以通过社会选择维持。这种依赖负频率依赖选择的特性应使颜色多态性容易出现破坏变异型间竞争互动的新表型。我们表明，普通壁蜥（Podarcis muralis）中性选择综合征的起源和适应性传播，选择性地消除了那些在数百万年间保持的替代颜色变异编码等位基因。结果表明，新表型的出现会扰乱平衡选择，从而为快速表型进化与颜色多态性丧失之间提供联系。
