参考文章:http://www.dxy.cn/bbs/topic/23681470
NGS 是"Next-generation" sequencing technology
那么NGS 分为 DNA-seq 和 RNA-seq
DNA-seq
CHlP-seq EXon-seq whole-DNA-seq
研究的目的: 研究转录因子TF DNA结合位点 表观遗传修饰 DNA甲基化 全基因组测序寻找遗传变异位点SNP和InDel
使用工具:
质量检测:Fastqc
拼装:把成千上万的reads拼装到基因组上, 这里又分从头拼装和有参考组的拼装。
bowtie bwa maq soap
参考组(reference): 从 UCSC genome browser 中下载
RNA-seq
使用工具:
质量检测:Fastqc
拼装:把成千上万的reads拼装到基因组上, 这里又分从头拼装和有参考组的拼装。
Tophat Cufflinks
参考组(reference): 从 UCSC genome browser 中下载