学习小组DAY3笔记-侯彩琼

软件管理MINICONDA

=》进入:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本
=〉查看服务器位数(64位):输入命令 uname -a
=》安装最新版本(latest)
=〉复制下载链接

登陆服务器

进入昨天已建好的biosoft目录
(自动补全功能,使用Tab键,在home目录下,打出cd b,按Tab后出现自动补全)
cd ~/biosoft
wget命令
使用老师给的链接:cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft

安装miniconda

按系统提示安装miniconda
安装成功后进行激活,

激活conda

source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda,显示激活成功

conda list (查看当前服务器上安装的所有软件列表 )

搜索conda软件 conda search fastqc
安装软件 conda install fastqc -y
卸载软件 conda remove fastqc -y

conda中的环境

conda info --envsconda info --envs
先建立rnaseq的一个conda环境,处理转录组数据了,
然后显示出现指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
重新查看conda环境,conda info --envs,出现了新建立的rna-seq

激活新的conda环境

conda activate rna-seq ,
此时用户名root前面出现了(rna-seq) ;然后输入fastq,出现了大量字母信息,说明激活成功。

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