朱棣发动靖难之役，渡江后很轻松的就占领了南京，但朱棣并没有马上登基，而是有其他要紧的事要做，史书说朱棣在“清宫三日”，有人说“清宫”就是在寻找宫里的美女，并不是，根据清人查继佐的《罪惟录》和谷应泰的《明史纪事本末》记载，这个“清宫”是指朱棣在杀人，凡是宫里的宫人太监和女官几乎全部被杀，之所以被杀，主要原因就是回答不出来建文帝在哪儿。
建文帝人间蒸发对朱棣来讲一直是个心结，正史有说其烧死的，也有说其上吊的，一个人咋有两个死法？不太靠谱。而通过后来的“燕王告天文碑”以及朱棣本人的种种行为，再加上野史的花式记载，建文帝逃亡的可能性是极大的，若是建文帝出亡了，那他是如何“越狱”的呢？
建文帝出亡的两种说法
A：建文帝通过明皇宫里面及其周围的暗道逃离的
明朝著名史学家谈迁是这样说的：建文帝在明皇宫大殿上打发走了一些大臣后，他就与易学大师程济、中书舍人梁良用等人通过暗道悄悄走出了西华门，来到了西华门外的秦淮河，沿着秦淮河往南走，找到了一艘空船，建文帝一行人赶紧登船，梁良用拼命地划船，向着城南方向行驶，没一会儿，就到了南门，他们下船上岸，改变了出逃的路线和方向。梁良用哭着对建文帝说：“陛下，臣就此与您永别了。”说完他就走到朱雀桥上投河自尽。梁良用与梁中节、梁良玉、梁田玉等都是同族人，梁家一族有8人在建文年间同朝为官，他们个个都是忠臣义士，光跳河的就有五个人。
建文帝一帮人在南门登岸后，偷摸跑到聚宝门（今中华门），趁着夜色，他们悄悄来到了聚宝门东北方的神乐观。不久，其他十几个大臣也相继来到，当夜，建文君臣就睡在道士王升所在的神乐观，秘密商议出亡之计。（谈迁：《惠宗建文四年》）
B建文帝是通过明皇宫暗道、穿越鬼门而逃离的
持这种说法的，影响比较大的是明末清初的学者谷应泰，他说，建文帝和九个大臣通过暗道逃离了明皇宫大殿，直奔鬼门。
鬼门在明皇宫的哪里？一直都没有确切的说法，有的说鬼门应该在明皇宫的北边，因为古时候人们出殡时往往不从正门（南门）而是从北门出去，因此有人推测鬼门在皇宫北方，也有人说鬼门就是太平门。清朝有一出昆剧《千钟录》，其中提到了鬼门，有台词：“我名允炆，今僧名应文，乃应我之名也。还有朱书一纸：‘应文从鬼门而出’。但未知鬼门在何处？”另一人作答：“宫中地下暗沟名为鬼门，直通后河。”
尽管是戏文，但它诞生在明代盛传建文帝出亡的苏州，苏州离南京又很近，作者把鬼门解释成暗沟可能是跟当时南京的俗语有关，而这里的“后河”，极有可能是玄武湖，因苏州口语河与湖是一个音。
建文帝与九个大臣赶到鬼门时，遇到了神乐观的道士王升，建文帝十分惊讶：我们是秘密逃亡，这个王升老道怎么会知道？王升见状，忙跪下磕头，说：“万岁，莫要惊慌，贫道早知道陛下要来这里，昨天夜里高祖皇帝托梦给贫道，让贫道在此恭候陛下。”听到这种胡说八道的话后，建文帝也来不及再细细打听了，于是就本能的随着王升坐船来到了太平门，接着又跟着王升到了神乐观。这时，天色已黑，杨应能、叶希贤等13人也来了，总共22个人，住宿在神乐观。（谷应泰：《明史本末纪事》）
开了一夜的会，商议逃亡大计
众大臣汇集在神乐观，一起讨论以后的出路问题，建文帝说：“既然命已至此，今后我们就以师徒相称，不必拘泥于君臣之礼了。”那些大臣听到这番话，一个个都哭着答应了。这时有人提出这样的观点，这么多的大臣都跟随建文帝逃跑，太显眼了，很容易暴露出来，最好选几个没有家室拖累的并很有力气的大臣出来保护建文帝，但最好不要超过五个人，其他大臣都找地方藏起来，暗中给建文帝物质保障，遥相呼应。建文帝当即称赞说：这个主意不错！大家说着说着就围成了一个圆形，席地而坐，王升道士忙个不停，送茶水送夜宵，大家吃完了，也将逃亡大计商量成了：始终不离开建文帝的有三个人，杨应能、叶希贤和程济，杨应能和叶希贤对外称比丘（通俗的来说，就是实习的和尚），程济称道人，“大法师”就是建文帝自己。
解决好安全警卫问题后，往来接济送吃穿的也必须要确定好，而且人还不能少，否则万一有个闪失，建文帝就可能冻着饿着，或者会有生命之忧，于是定下六个人给送衣服送吃喝。（谷应泰：《明史本末纪事》）
在讨论完安全与物质问题后，建文帝对大家说：“如今之势，我想往云南去，依托西平侯沐晟，诸位看看这么样？”徐王府宾辅史仲彬说：“大伙儿人那么多，声势也大，而燕王军队大抵控制了京师，一心要缉拿所谓的奸党分子，我们这么多人在一起行动，能不被人觉察出来而告发吗？以我之见，倒不如往来于山水名胜之间，四海为家。我等大臣中家资比较丰厚一点的，随时准备好费用，任由皇帝陛下使用，有何不可？”建文帝说：“这个主意不错！”当时决议，建文帝轮流居住在七个大臣家里，这七个大臣是：廖平、王良、郑洽、郭节、王资、史仲彬、梁良玉。但此时建文帝忽然想起了一件事，于是就说：“这个办法好是好，只可暂时住住，而不是长久之计，更何况我们现在所在的地方是京师南郊的天地坛附近，这还是一个十分危险的地方，明天天一亮我们必须离开，但往哪里去呢？”大伙儿讨论一番后，一致认为：天亮后往浙江浦江方向去最为妥当，浦江郑氏是个大家族，历来以“忠孝”治家，且本朝开国以来，他们一直对大明君主忠心耿耿，皇帝陛下到那里去最合适不过了。（谷应泰：《明史本末纪事》）
