链特异性文库鉴定lncRNA

做这个lncRNA的分析，有几个疑惑

这个建库的方式既可以分析lncRNA和mRNA

1.看网上的教程说如果不鉴定新的转录本和新的基因，在组装各个样本的转录本后即可定量，鉴定出的结果是基因和lncRNA吗，没有其他RNA吗

2.如果鉴定新的转录本和基因，如何将lncRNA 和mRNA分开呢

3.通常文章里鉴定的mRNA与lncRNA 是包括已知和新的吗，还是只鉴定新的

第一次做这个分析，实在摸不清，还请大神指教

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