清朝入关巩固政权后，康熙皇帝曾说过一句堪称豪气的话－不修边墙！的确，清朝前期国力强盛，八旗铁骑还是非常勇猛无敌的，所以很多人可能认为清朝没有修建长城，其实不然，俗话说有盛必有衰，封建王朝永远逃脱不了历史的轮回。到了清朝后期各地农民起义军风涌云起，清政府四处平叛，疲于奔命，也不得不在内地大规模修建长城来镇压农民起义军，而这支农民起义军就是捻军。
鸦片战争后，清政府为了支付战争赔款，不得不加大对老百姓的剥削，再加上资本主义市场对中国自给自足的自然经济强烈的冲击，社会阶级矛盾越来越激化，继而爆发了多支农民起义军。其中在安微 山东和河南一带兴起的一支反清义军就是捻军，其势力不断强大，在太平天国失败后捻军成为了反清的主力，自然成为了清政府的眼中钉，肉中刺。
1865年5月18日，大清亲王僧格林沁率领清兵精锐一万多人挺进山东剿灭捻军，却被捻军诱至高楼寨，最后清兵陷入了捻军的包围圈，全军覆灭，僧格林沁也战死沙场。清庭震惊，也从此不得不依靠汉人军阀武装来平叛，于是曾国藩和他的湘军被征调北上。
曾国藩上台后，改变了清军以往采取的穷追猛打的策略，提出了重点设防布置河防的战术，具体为沿着黄河.京杭运河.沙河等河的河道修筑长墙工事，在关隘渡口加强防守，然后做成连点成线的防御体系。曾国藩可谓老谋深算 ，在中原腹地建起这样防守严密的河墙，捻军的马队所擅长的高机动性，飘忽不定，埋伏包抄的战术就无用武之地，而清兵却可以依靠长墙步步为营，彻底困住捻军继而消灭完。最后流窜于中原的捻军就这样被消灭了。而后李鸿章所率领的淮军又进入山西修建了依黄河而建的长城，用来阻止西北回民起义军的进攻。
实际上清政府修建的横卧在中原大地和黄河.运河沿岸的长城虽然比不上历朝的雄伟，但是规模也很大，纵深也是空前的，不过现在存留不多。众所周知清朝以前的朝代所修建的长城是为了防御游牧民族骑兵的优势，减少外敌对边境的袭扰，而清长城则是对内血腥镇压农民起义的，这点还是不一样的。清长城的修建也体现出了近代防御工程体系，建造的比历代更为合理，体现出了历史的进步。
