生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得—限时免费

海哥,中国科学院遗传与发育生物学研究所,生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。

生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索

生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络

生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因

这次海哥回北京,结合自己发表过的文章和其它经典文章以及自己多年做研究的经历,从中心法则出发,为大家从不同层面介绍组学分析的手段,并解释了不同方法都能解决什么具体的生物学问题。

本视频内容全面,简单易懂,很适合想知道组学能做什么和生物数据分析没有思路的朋友,能为你在学习、科研项目以及分析实战的过程中提供很多的指导。

这次视频最开始是在4天你也可以自己处理二代三代转录组测序数据最后一天的答疑课上给出的,很受好评,现分享与此。点击阅读原文即可限时免费观看。

(海哥讲述诙谐,这次录制是其第二次讲。有点遗憾的是,海哥自认为没有第一次讲的好,如果有缘,希望能在易生信极高性价比暑期黑马集训 -- 低至2500每人的暑期课上再讲一次。)

下面是笔者自己观看完视频后的理解,苍白的文字代表不了视频,有狗尾续貂之嫌,还请见谅。

内容概览

形象地用盲人摸象阐述组学分析的优势

Big Data vs. Small Data

利用大数据关联鸟和花的分布与云图的关系,便于精准救治。

Big Data in ecology

大数据告诉你为什么科比是NBA最伟大的球员之一?如何防守库里?

Big Data in NBA

用传统实验得到的小数据去解释生物学问题,就如同盲人摸象般,尽管可以比较精确地描述某一问题,但是由于找不到全局的联系而无法全面地做出解释。随着新一代测序技术的发展,生物大数据分析越来越受到生物学家们的青睐,我们可以从各组学层面来了解某一生物样本在某个状态下的全貌。

1. DNA level

DNA level包括序列突变、插入、删除、易位等,会影响到基因编码、转录因子motif结合,并举了“画蛇也可添足”的例子阐述蛇中增强子区域序列突变影响到ETS1结合,进而足发育退化的故事。

之前的推文从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)也介绍了一点增强子的知识和大牛的分析思路,可作为饭后阅读小故事。

DNA level

2. Transcriptional regulatory level

基因表达调控受转录因子结合、组蛋白修饰、DNA甲基化等的影响,分析这些调控最常用的是ChIP-seq (详细分析流程,调整下也可适用于ATAC-seq),ATAC-seq和亚硫酸盐测序等。这在之前的培训中也有部分提及,可在腾讯课堂看对应视频https://bioinfo.ke.qq.com

第二张图是常见的基因组浏览器的展示,可以查看某个区域多个维度的信息,具体使用见高通量数据分析必备|基因组浏览器使用介绍 - 3系列文章。

Transcriptional regulatory level

3. RNA level

RNA水平主要指RNA表达量变化、可变剪接形式变化、RNA修饰、编辑、非编码RNA调控等,这些部分的实战会在我们的易生信极高性价比暑期黑马集训中讲到。也可查看转录组分析的正确姿势转录组分析工具哪家强?120分的转录组试题(第三份答案)等。

RNA m6A是研究的比较火的修饰,我们也在王秀杰研究组合作发现m6A修饰在小脑发育中的新功能 (附2018上半年m6A研究文章和点评)中做过一点总结。

RNA level

4. Translational level

翻译水平是从Ribosome结合的角度查看潜在的蛋白表达量。

Translational level

5. Protein and metabolite level

蛋白质组水平和代谢组水平,配合之前蛋白质组学研究概述一起观看。

Protein and metabolite level

感谢海哥的分享!在此将本视频推荐给大家,点击文末链接即可限时免费观看。若您觉得不错,请转给更多需要的人。

更多视频课见:

精品回顾

画图三字经生信视频生信系列教程

心得体会癌症数据库LinuxPython

高通量分析在线画图测序历史超级增强子

培训视频PPTEXCEL文章写作

色彩搭配图形排版互作网络

《海汐讲组学》视频链接:https://ke.qq.com/course/315487

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 214,875评论 6 496
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 91,569评论 3 389
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 160,475评论 0 350
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 57,459评论 1 288
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 66,537评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 50,563评论 1 293
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,580评论 3 414
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 38,326评论 0 270
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,773评论 1 307
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 37,086评论 2 330
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 39,252评论 1 343
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,921评论 5 338
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,566评论 3 322
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 31,190评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,435评论 1 268
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 47,129评论 2 366
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 44,125评论 2 352

推荐阅读更多精彩内容

  • 8种特殊建库测序 8种特殊建库测序 1. RNA-seq 2. 外显子测序 3. small RNA-seq 4....
    wangchuang2017阅读 13,137评论 2 92
  • 学习无效是因为没有强制输出结果的压力 摘自互联网 读书软件强迫写读后感
    hbwjhbwj阅读 190评论 0 0
  • 2018年1月4日晚。我怀着激动却又平静的 心情去电影院观看了期待已久的中国版《解忧杂货店》! 作为一个书粉儿,在...
    叶芃阅读 398评论 0 0
  • 导读:“人之贤不肖,譬如鼠矣,在所自处耳!”一个人的生活环境,既是命运的安排,也是自己的选择!只要你心里想着要改变...
    健康美丽阅读 384评论 0 0
  • 第一次心理咨询。 向我的心理咨询师A老师打了招呼,向他说说了心里的状态和一些想法,做了BDC(伯恩斯抑郁症测试),...
    梦春秋阅读 314评论 0 1