Linux系统创建新的R环境及报错

因为有的R包需要R4才能安装使用,原本是想直接升级R版本的,但是又害怕环境什么的装不对,牵一发而动全身,导致服务器的R用不了,大家干不了活,那我就罪大恶极了,所以曲线救国,在 conda新创建一个R4.0环境。

安装命令如下:
conda create --name r4-base # r4-base是你的R的命名
conda activate r4-base
conda install -c conda-forge r-base
conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-base

conda create --name r4-base
image.png
conda activate r4-base
conda install -c conda-forge r-base=4.2.3
image.png

遇到一个报错:


image.png

上网搜,看到一个类似问题:https://blog.csdn.net/DJames23/article/details/109510050

d2ca18d83dfee2467d3f6ea410d567a.png

里面说删除再装回去就好,但是,这个怎么装回去呢?这个装回去看不懂后面的格式是什么意思啊。问小伙伴,小伙伴叫我直接删掉就好,保险起见,我还是改个名保留下来。然后重新跑了一遍代码 conda install -c conda-forge r-base

image.png

然后发现,这就直接会生成一个,刚刚不知道怎么装回去的问题解决了。


image.png

最后一句:

conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-base
image.png

搞定。

安装完R环境后,要在.bashrc或.bash_profile中export 相应的path:

export PATH="$PATH:/你的R4地址的bin/envs/r4-base/bin"

如果不export 相应的path,R安装包时就可能找不到相应的程序,因为它只会调用默认的:

/bin/sh: x86_64-conda-linux-gnu-cc: command not found

那么,怎么在RStudio里切换R版本呢?

方法1:不同版本的R覆盖/usr/local/bin下面的R,打开RStudio就是更换版本后的R。

ln -sf  ~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R  /usr/local/bin/R

方法2:添加环境变量,将RSTUDIO_WHICH_R环境变量设置为您想要运行的R可执行文件。(个人普通用户更改无效)

export R studio _ WHICH _ R =~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R

如果想运行几个R版本,可以在.bashrc或.bash_profile中创建别名。配置文件,例如:(亲测只在终端有效,网页版Rstudio还是默认3.6版本)

alias R3.6.2=/usr/local/bin/R
alias R4.0.5=~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R

如果方法2不行,是因为Rstudio 默认使用的是系统环境变量PATH里的R,而 Rstudio 通常是以管理员权限安装的。管理员PATH里的 R 和普通用户可能不一致。那么我们需要进行一些配置,试试方法3。

方法3:打开这个文件:/etc/rstudio/rserver.conf,配置下面两行
rsession-which-r 配置使用的 R,跟服务器保持一致;
rsession-ld-library-path 配置 R模块的安装或者调用路径,也跟服务器保持一致。
配置完成后,重新启动 Rstudio 服务。

vi /etc/rstudio/rserver.conf
# rsession-which-r=/home/user/miniconda3/lib/R
rsession-which-r=~/anaconda2/envs/r4-base/bin/R

重启Rstudio

sudo rstudio-server restart
sudo rstudio-server status # 查看Rstudio状态

重新登录就可以了。你会发现 R的办法,以及 R library 的路径都一致了。但是这里又有一个问题,我只是想在需要R4的时候才切换,方法3的话全部用户开启Rstudio都会变成R4了,很多包都不能用,很多包都要更新或重新下载。还需要再研究研究。

参考:https://blog.csdn.net/swuteresa/article/details/25872627?spm=1001.2101.3001.6661.1&utm_medium=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-2defaultCTRLISTRate-1.pc_relevant_default&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant_t0.none-task-blog-2defaultCTRLISTRate-1.pc_relevant_default&utm_relevant_index=1

https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/115511842?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2defaultbaidujs_title~default-0.pc_relevant_default&spm=1001.2101.3001.4242.1&utm_relevant_index=3

https://cloud.tencent.com/developer/news/75690

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14267117.html

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