1.安装java环境
在安装之前需要卸载linux自带的java环境。
1.java -version 查看系统是否有java环境
2.rpm -qa | grep jdk 找到具体的jdk
3.分别删除
rpm -e –nodeps java-1.8.0-openjdk-devel-1.8.0.181-7.b13.el7.x86_64
rpm -e –nodeps java-11-openjdk-headless-11.0.ea.28-7.el7.x86_64
rpm -e –nodeps java-1.8.0-openjdk-1.8.0.181-7.b13.el7.x86_64
rpm -e –nodeps java-1.8.0-openjdk-headless-1.8.0.181-7.b13.el7.x86_64
rpm -e –nodeps copy-jdk-configs-3.3-10.el7_5.noarch
4.java -version 验证是否删除成功
这样便是删除成功了。
参考：https://blog.csdn.net/weixin_43520670/article/details/106344655
然后下载java，进入java官网
https://www.oracle.com/java/technologies/downloads
将首页往下翻，可以看到有两个下载的界面：
下载图示中的版本，可以选择下载最新版，也可以选择下载第二张图片中的版本，这个版本也有很多人用。
根据喜好选取，并复制链接。
在linux中就可以进行下载安装了。
可以使用如下命令：
wget https://download.oracle.com/java/19/latest/jdk-19_linux-x64_bin.tar.gz
##注意这里需要root权限
sudo mkdir /usr/java
sudo tar -zvxf ~/jdk-8u172-linux-x64.tar.gz -C /usr/java/
cd /usr/java
sudo ln -s jdk1.8.0_172 latest##此处查看java路径下的jdk完整版本号，复制并替换此命令中的jdk1.8.0_172
sudo ln -s /usr/java/latest default
sudo vi /etc/profile
#末尾加上如下几行
export JAVA_HOME=/usr/java/latest
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$PATH
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:JAVA_HOME/lib/tools.jar
cd
source /etc/profile
java -version
2.安装fastqc
fastqc是一个数据质量评价软件。
下载过程如下：
mkdir Biosofts
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
mkdir ~/Biosofts/fastqc
unzip ~/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/
chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc
~/Biosofts/FastQC/fastqc -h
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h
出现这个界面则是安装成功：
3.安装conda
Conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版。
这里我选择anaconda进行安装。
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
sh [路径]/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
[如果在安装的时候已经选择加入的话，就不需要加入环境变量，直接source]
bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh 按照提示进行执行
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda --version
4.安装python2环境
#查看当前python版本号
python --version
# 创建一个名为python27的环境，指定Python版本是2.7（不用管是2.7.x，conda会为我们自动寻找2.7.x中的最新版本）
conda create --name python27 python=2.7 -y
#列举当前所有环境
conda info -e
5.安装multiqc
#激活python27环境
conda activate python27
#安装multiqc
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
通过以下命令可以测试multiqc是否安装成功：
multiqc --version
或者
multiqc -h
我出现了如下错误
错误1：
错误原因：pyyaml 5.1版本后弃用了yaml.load(file)这个用法，5.1版本之后就修改了需要指定Loader，通过默认加载器（FullLoader）禁止执行任意函数。
解决方法：降低pyyaml版本。
（1）先卸载已装版本
pip uninstall pyyaml
（2）安装低版本
pip install -U pyyaml==4.2b2 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
重新运行multiqc --version，还有一个错误。
（参考:https://blog.csdn.net/weixin_45144679/article/details/123535701）
错误2：
解决方法，输入命令：
conda install libgfortran==1
（参考：https://blog.csdn.net/ACGTexplorer/article/details/112689613）
再用 multiqc --version查看，成功了！
6.使用multiQC对多个fastq质量做出评价
请看我的简书下一篇：
https://www.jianshu.com/p/a40a4b540f5e
