可以使用工具 bcftools 中的 view 命令结合选项 -r 和 -s 来挑选特定的 SNP 位点。
- 选择感兴趣的样本，使用 -s 选项，比如选取样本 A、B、C：
bcftools view -s A,B,C input.vcf.gz -o output.vcf.gz
- 选择特定的区域，使用 -r 选项，比如选择染色体 1 上的某一区域:
bcftools view -r 1:100000-200000 input.vcf.gz -o output.vcf.gz
- 随机选择一定数量的 SNP 位点，可以使用 shuf 命令结合 head 命令。比如选择 1000 个 SNP 位点：
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\n' output.vcf.gz | shuf | head -n 1000 | sort -k1,1n -k2,2n > selected_snps.txt
这个命令的含义是，首先使用 bcftools query 选取输出文件中 SNP 位点的染色体和位置信息，然后使用 shuf 对行进行随机排序，接着使用 head 选取前 1000 行（即 1000 个 SNP 位点），最后使用 sort 对选定的 SNP 位点按染色体编号和位置进行排序，并保存到 selected_snps.txt 文件中。
- 最后，使用 bcftools view 选取特定 SNP 位点，比如选取上一步骤中筛选出的 1000 个 SNP 位点：
bcftools view -T selected_snps.txt output.vcf.gz -o selected_snps.vcf.gz
这个命令的含义是，使用 -T 选项指定要选取的 SNP 位点列表所在的文件（即上一步骤生成的 selected_snps.txt 文件），从输出文件中选取特定的 SNP 位点，并将结果保存到 selected_snps.vcf.gz 文件中。
