起因:课题组需在一台环境配置不良的服务器上安装RunFeatureCounts。
该软件的安装在其官网有教程。是个R语言写的脚本。由于没有封装起来,需要人工下载相关的包依赖。为避免软件之间依赖冲突,建议在conda的新环境安装。
安装流程:
(1)进入RNA虚拟环境中操作。
(2)在R解释器中直接安装argparser:install.packages("argparser")。
(3)我利用conda安装了以下依赖包。
Rsubread 2.12.0
limma 3.54.0
edgeR 3.40.0
也可在R解释器中安装,但需处理其他依赖问题。
(4)在RNA虚拟环境安装适配以上包的R解释器r-base 4.2.3。