ENA数据库检索,数据文件下载链接:ENA网站(https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home)
将文件拷贝至linux系统,运行如下命令行,数据即可下载
java -jar 软件存放路径/ena-file-downloader.jar --accessions=PRJEB41316 --format=READS_SUBMITTED --location=本地存储目录 --protocol=FTP --asperaLocation=null --email=NONE
命令行解析
java -jar 软件存放路径/ena-file-downloader.jar ###调用软件
--accessions=PRJEB41316 ###基于accession number下载,也即下载这个accession number下的所有数据,这种方法相对比较方便一些,不用再单独输入对应的ftp路径,推荐使用;
--format=READS_SUBMITTED ###要下载的文件格式,这里选择了作者上传时的格式,推荐使用,以便于查找和文章数据之间的对应关系
--location=本地存储目录 ###提供一个下载文件存储的路径
--protocol=FTP ###基于FTP的下载模式,还有aspera等其他下载模式,需要密钥等文件,比较费劲,所以选择这个
--asperaLocation=null ###不基于aspera下载
--email=NONE ###下载完成后不需要邮件通知,当然,如果您希望有邮件通知,可以在此处填写您的正确的邮箱