Linux环境下的软件安装
文中大部分内容均借鉴于微信公众号：生信星球
软件管理——Miniconda
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。
关于conda的介绍可看这篇：生信小白第3天-linux的App Store (qq.com)
Miniconda的下载、安装与激活
1.Miniconda的下载
百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
进入之后，选择Miniconda的下载版本。
=> 首先查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
=> 安装最新版本（latest）
=> 右键-复制下载链接
=> 登陆服务器，进入biosoft目录 [没有的话可以自己新建一个]
=>
wget + 刚刚复制的下载链接（这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，可以设置在Xshell中设置成鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴）如果找不到，可以使用以下链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
2.Miniconda的安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (输入你下载的对应版本号)
然后就开始了安装过程，中间会出现很多的版权信息，按回车跳过它们。
当你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]”说明安装要开始了
这样显示时，即为安装成功。
3.Miniconda的激活
source ~/.bashrc 来激活conda
接着可直接输入conda，如果出现满屏信息，即为安装成功。（若报错，可能是没有输入激活命令）
不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！注意不要删除安装包哈，要不还得浪费时间在下载上。
4.添加镜像：
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车。
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
Miniconda的使用
1.查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
2. 安装软件
conda install fastqc -y
【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes，可以试试不加-y有什么区别】
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以 conda install fastqc=0.11.7 -y
3.确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
4. 软件卸载
conda remove fastqc -y
以上就是Linux系统中的软件安装教程了，以下还有些知识可以学习。
“conda 环境”
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
1. 先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
前面带*的即为默认的环境，目前仅有一个环境。
2.创建一个新环境
比如我们要处理转录组数据了，先建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看可以看到多了一个rna-seq。
3.激活新环境
创建新环境之后发现 * 还是在第一个，使用下面命令可以激活新建立的环境。
conda activate rna-seq
这时默认的*就会转移到rna-seq前面
4.退出当前环境
如果要退出当前环境，就运行conda deactivate
2022.07.13
