linux如何安装软件
conda
什么是conda?
相当于app store
如何将miniconda下载到服务器上？
1，百度搜索“miniconda 清华”（清华的conda镜像网站）
2，进入网站中的【链接】（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/）
3，查看服务器版本，输入命令：uname -a
4，找到最新版本，右键-复制下载链接
5，登录xshell,创建新的目录 biosoft
6, 进入biosoft目录，输入命令：wget 刚才复制的链接，点击回车即开始下载。
7，下载成功界面
sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
安装miniconda
输入命令：bash Miniconda3-py39_4.10.3-linux-x86_64.sh然后回车开始安装
（注意我下载成功后的文件名是什么，bash后面跟的就是什么）
激活conda
1输入命令：source ~/.bashrc
2命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
添加镜像
把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车
【代码】（# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes）
使用coonda
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
- 安装软件conda install fastqc -y
3.确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。 - 卸载软件 conda remove fastqc -y
conda environment
定义：不同的项目需要不同版本的软件进行分析，conda 环境就相当于不同版本的分身，量身打造安装分析环境。
1,查看当前有哪些conda环境
输入命令：conda info --envs (前面带*的就是默认的)
2示例
比如要处理转录组数据了，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
输入命令：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3查看是否出现新的conda 环境
输入命令：
conda info --envs
4，激活新的conda环境
输入命令：
conda activate rna-seq，就会发现 *就会转移到rna-seq前面；
在用户名root前面出现了(rna-seq)
接着，你可以输入 fastqc，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）
5退出当前环境
输入命令：
conda deactivate
