生信小白第3天-linux的App Store
自动补全功能(输入时可以试试自动补全功能，键盘上的Q前面那个Tab键，你在home目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐。)

cd ~/biosoft

wget 刚才你复制的下载链接，如下图

「for Windows」请记住这里的粘贴:选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；

如果安装失败了，需要从这里重来

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
看到这里说明安装成功(Thank you for installing Miniconda3!)

激活conda:

source ~/.bashrc

添加镜像：

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

安装软件

conda install fastqc -y
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。

处理转录组数据，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成)

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建完之后，再次查看一下我们的conda环境

conda info --envs

激活新的conda环境了

conda activate rna-seq

这时默认的*就会转移到rna-seq前面；
另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了

退出当前环境

conda deactivate

image.png