一、Miniconda是什么

Miniconda是一款日常生信使用小而精的软件下载器。类似于应用商店，可以快捷地下载相应的软件。

二、Miniconda的安装下载

首先在Anaconda的清华镜像站选取合适的版本下载。（注意有for Windows, for Linux, For IOS的区别）
然后通过wget命令，通过wget 复制的下载链接来进行脚本安装。（sh后缀是脚本）
脚本下载完成后，即使之后的安装失败，也不需要重新下载脚本。
之后使用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh来进行安装。反正就是各种同意各种回车啦。再使用source ~/.bashrc来进行激活。（通过输入conda来检测，如果出来一大堆就是成功啦）
最后我们需要添加镜像。（有清华原和USTC两个选择）
清华源的是：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

USTC源的是：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

bfsu源的是：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

PS：如果下错了，可以用rm ~/.condarc删除镜像重来。

三、Miniconda的基本使用

1.conda list用来查看服务器所安装的软件列表。

2.conda search （软件名）用来搜索软件。

3.conda install fastqc -y用来下载软件（如fastqc）。当我们想精确地下载某个版本的时候，我们需要使用conda install fastqc=0.11.7 -y来进行操作。

4.conda remove fastqc -y用来卸载软件。

5.conda info --envs用来查看当前有哪些环境。（带*号的为当前所处环境，即默认环境）

四、高级操作

我们可以在需要时下载高级应用和环境。比如：我们要进行转录组数据处理，我们应该先建立一个叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

此时查看环境，会发现多了一个叫做rna-seq的环境，但默认环境仍然为base。

此时，我们就可以激活这个环境，默认的*就会转移到新环境中，且用户名root前会显示新环境名。
conda activate rna-seq

如果想退出新环境，可以输入以下命令退出。
conda deactivate