-
思维导图
Linux软件安装步骤一览
-
分布讲解
1.下载miniconda
百度清华开源软件镜像站，找到下图位置
Miniconda镜像使用帮助
通过命令
uname -a确定自己服务器是多少位的从而确定安装包类型是32-bit还是64-bit
x86_64
找到Linux 64位的最新版本，右键复制下载链接，在命令行中使用
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh从而实现将miniconda下载到服务器上
miniconda下载至服务器成功！
2.安装miniconda
此时安装包已经存在于我的文件夹中了
miniconda存在于bio05文件夹中
使用命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh即可安装miniconda经历若干次enter/yes后安装成功
miniconda安装成功
中间出现了一个小插曲，后退键backspace不知道为何失去了它的后退作用，打出来就是
^H，上下左右键也都有问题，虽然不知道什么原因，不过还是在CSDN的这篇帖子里暂时把问题给解决了——linux 用Backspace键突然出现^H的问题
最后输入source ~/.bashrc进行激活，若输入conda有满屏信息则说明激活成功
3.添加镜像并安装fastqc软件
首先，添加中科大镜像
使用中科大的镜像，代码来源：生信星球
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
安装软件fastqc，使用命令conda install fastqc -y
在conda list中可以找到fastqc证明安装成功
卸载fastqc，使用命令
conda remove fastqc -y
4.配置环境实现分身
首先，使用命令conda info --envs确定当前环境
默认环境为base
创建一个新环境名为bioinfomatics，需要安装版本为3的python、fastqc、trimmomatic这三个软件，代码如下
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y，但这个环境并非默认环境，需要激活
环境激活成功
利用命令
conda deactivate退出该环境
退出环境成功
