从Matlab转到Nipype

安装Nipype

安装windows版docker

从网址上下载安装
https://www.docker.com/get-started
装好以后在powershell里试一下

docker run hello-world

如果要运行docker自带的tutorial，就安装一下git
https://git-scm.com/download/win

安装nipype的教程

introduction_docker https://miykael.github.io/nipype_tutorial/notebooks/introduction_docker.html
装这个教程是因为它带有数据，便于后续根据nipype官方教程学习

docker pull miykael/nipype_tutorial:latest

等着它下载安装好就行。如果嫌速度慢，可以在docker设置-docker engine里改一下阿里云的源

{
  "registry-mirrors": [
    "https://orr8vi7g.mirror.aliyuncs.com",
    "https://docker.mirrors.ustc.edu.cn"
  ],
  "insecure-registries": [],
  "debug": true,
  "experimental": false
}

试着运行一下，打开jupyter

打开powershell，输入

docker run miykael/nipype_tutorial

然后会返一堆东西，不同的电脑可能具体内容（ip）不一样

 To access the notebook, open this file in a browser:
        file:///home/neuro/.local/share/jupyter/runtime/nbserver-29-open.html
    Or copy and paste one of these URLs:
        http://fea05b63124f:8888/?token=2ff39ff5e3806d282e68bc0337c261af29224019768cf4a7
     or http://127.0.0.1:8888/?token=2ff39ff5e3806d282e68bc0337c261af29224019768cf4a7

把最后那行http://127.0.0.1:8888/?token=2ff39ff5e3806d282e68bc0337c261af29224019768cf4a7 复制粘贴到浏览器，就能打开jupyter了

成功标志如下图

nipype-jupyer.png
失败的原因
ERR_CONNECTION_REFUSED

使用本地的教程学习一些基础的东西

在/docs/notebooks里找到你感兴趣的主题开始跟着做就行。或者打开/docs/index.html 按步骤来
接下来我想知道怎么用docker访问硬盘里的数据
http://nipy.org/workshops/2017-03-boston/lectures/lesson-container/#30
在docker官方教程里说windows系统运行linux容器时，可以在settings-file sharing里添加需要访问的文件夹。

win10用docker容器运行本地python文件
https://blog.csdn.net/qq_41100991/article/details/98769530

docker run -v I:/38chongqing/38chongqing_MRI/BIDSstructure:/home/data -w /home/data nipype/nipype

搞定啦
http://swcarpentry.github.io/shell-novice/ 根据这篇很棒的shell教程走了一遍，就理解了linux下的文件操作

docker 常用

-v #投射
docker stop $(docker ps -q) #停用所有容器
docker rm $(docker ps -aq) #删除所有容器