时间荏苒，岁月穿梭，转眼间2022年就要在紧张和忙碌中过去了。值此之际诺禾致源转录调控&微生物&重测序携手在这里给大家奉上一份属于我们的年终总结。据不完全统计，截止2022年12月，诺禾致源助力合作伙伴发表SCI文章175篇，影响因子1830，其中IF>10文章64篇。而在医学研究领域，我们常常会使用到转录组、WGS、宏基因组等组学技术。在此小编就这些组学技术各挑选出了一篇经典文章分享给大家，让我们一起来看看吧。
普通转录组
Neuronal NR4A1 deficiency drives complement-coordinated synaptic stripping by microglia in a mouse model of lupus[1]
发表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy
影响因子：38.104
研究对象：红斑狼疮
实验方法：转录组测序（RNA-seq）；动物行为实验；qRT-PCR；WB；免疫染色
研究内容：该研究应用多种模型及研究方法，阐明了突触丢失是狼疮脑损伤的早期病理，小胶质细胞、补体信号、神经元共同参与该过程。转录组测序为探究神经元Nr4a1-C1q-小胶质细胞协同调控的分子机制发挥了重要作用。
非编码RNA
EWSR1-induced circNEIL3 promotes glioma progression and exosome-mediated macrophage immunosuppressive polarization via stabilizing IGF2BP3[2]
发表期刊：Molecular Cancer
影响因子：27
研究对象：人胶质瘤
实验方法：circRNA-seq、qRT-PCR、RIP、RNA pull-down 、免疫荧光、WB
研究内容：通过circRNA测序分析获得正常和神经胶质瘤组织中的circRNA表达谱，并鉴定得到一个新的环状RNA（circNEIL3），通过研究发现，circNEIL3 被 hnRNPA2B1 包装成外泌体并传递给浸润的肿瘤相关巨噬细胞 (TAM)，使它们能够通过稳定 IGF2BP3 获得免疫抑制特性，进而促进胶质瘤进展，表明 circNEIL3 可作为胶质瘤潜在的预后生物标志物和治疗靶点。
宏基因组
Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population[3]
发表期刊：Nature
影响因子：69.504
研究对象：人肠道微生物
实验方法：宏基因组测序、环境及宿主大数据测量
研究内容：该研究选用近万荷兰人样本，将宏基因组测序结果与多种宿主和环境因素进行关联分析，全面概述了肠道微生物组，揭示了遗传、同居等多种因素对肠道微生物组的影响，这项研究将有利于微生物组靶向治疗的未来发展。
扩增子
Tumor-resident intracellular microbiota promotes metastatic colonization in breast cancer [4]
发表期刊：Cell
影响因子：66.850
研究对象：乳腺癌
实验方法：扩增子测序、宏基因组测序、单细胞测序
研究内容：作者使用乳腺癌小鼠模型探索肿瘤内细菌的功能意义。研究表明，肿瘤中的细菌可以通过增强宿主细胞抵抗血流机械应力的强度来促进癌症转移，从而在肿瘤进展过程中促进细胞存活。
人重测序
Whole-genome sequencing reveals the evolutionary trajectory of HBV-related hepatocellular carcinoma early recurrence[5]
发表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy
影响因子：38.1027
研究对象：肝癌
实验方法：WGS测序分析；进化轨迹分析；图变频普和突变特征分分析
研究内容：本研究通过对40对原发性和早期复发性乙型肝炎病毒(HBV)相关的HCC肿瘤进行了全基因组测序(WGS)，确定了HBV相关的HCC两种复发模式：新生复发和祖系复发，并通过克隆结构、进化树分析揭示了两种复发模式的进化轨迹，为肝癌未来的诊疗提供研究思路。
参考文献
[1]Han X, Xu T, Ding C, Wang D, Yao G, Chen H, Fang Q, Hu G, Sun L. Neuronal NR4A1 deficiency drives complement-coordinated synaptic stripping by microglia in a mouse model of lupus. Signal Transduct Target Ther. 2022 Feb 18;7(1):50. doi: 10.1038/s41392-021-00867-y. Erratum in: Signal Transduct Target Ther. 2022 Sep 17;7(1):328. PMID: 35177587; PMCID: PMC8854434
[2]Pan Z, Zhao R, Li B, et al. EWSR1-induced circNEIL3 promotes glioma progression and exosome-mediated macrophage immunosuppressive polarization via stabilizing IGF2BP3. Mol Cancer. 2022;21(1):16. Published 2022 Jan 14. doi:10.1186/s12943-021-01485-6
[3]Gacesa R , Kurilshikov A , Vila A V , et al. Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population[J]. Nature, 2022(Apr.28 TN.7907):604.
[4]Fu A, Yao B, Dong T, Chen Y, Yao J, & Liu Y, et al. Tumor-resident intracellular microbiota promotes metastatic colonization in breast cancer. [J]. Cell, 2022, 4, 1356-1372.e26. doi.org/10.1016/j.cell.2022.02.027.
[5]Zhou SL,Zhou ZJ,Song CL,et al.Whole-genome sequencing reveals the evolutionary trajectory of HBV-related hepatocellular carcinoma early recurrence[J].Signal Transduction and Targeted Therapy,2022,7(1):24.
