天启七年的末尾，刚刚登基的朱由检确定了自己的首要目标，便是除掉奸臣魏忠贤，铲除掉魏忠贤一党。魏忠贤这颗臭烘烘的毒瘤，他是深恶痛绝，不除掉这颗毒瘤，整个朝堂只会一直乌烟瘴气下去，自己也自身难保。
在即位之初，入宫的第一天晚上，朱由检就小心谨慎，一夜未眠，取来宦官身上的佩剑防身，同时不吃宫中的食物，只吃自己所身带的食物。为了不引起魏忠贤等人的猜疑，他对魏忠贤等人的优待如兄长朱由校一般。为了保证自己的安全，他将信王府中的侍奉宦官和宫女带到宫里。很快，他便见识到了魏忠贤的毒辣。
魏忠贤对朱由检并不了解，猜不中他的心思，便送美女给他。但朱由检毫不好色，对美女不感兴趣。但为了不让魏忠贤怀疑，朱由检把美女留下来了。朱由检知道魏忠贤的小人面目，送美女此举一定不怀好意，就特地仔细的对送来的美女搜身一下，果然发现美女的裙带顶端，都系着一颗“迷魂香”。朱由检不禁冷笑连连。
魏忠贤一计不成，另生一计。他派了一个小太监坐在宫中的夹墙内，手中持“迷魂香”，使室中自然氤氲着一种奇异的幽香，以达到催情的效果。这一招，同样被朱由检识破，他不禁背脊生冷，大为感慨道:“皇考、皇兄皆为此误矣！”
魏忠贤两次计谋没有成功，但仍没有死心。这一次，魏忠贤没有用阴谋而是用阳谋。他让一些臣工们毫无羞耻的不停上奏来大肆歌颂他的功劳。朱由检对此极有耐心，读览奏章“且阅且笑”，从来没有过多情绪的流露，让人摸不着头脑。
不久，魏忠贤向朱由检上了一道《久抱建祠之愧疏》，请求皇帝停止为他建造生祠。朱由检的批复不温不火，顺水推舟，让各地还没有开始建造的生祠停止不要再建，而其他建好的生祠依旧。这既没有惹恼魏忠贤，又让魏忠贤在朝中的威信有所折扣，可谓一举两得。
朱由检处事滴水不漏，这让魏忠贤的计谋无法得逞。朱由检依旧不断嘉奖魏忠贤等人，用以迷惑，安稳其心，温水煮青蛙。但一旦等到时机，朱由检自然一定把锅盖盖上，把火力全开，让魏忠贤等人难逃一死。
很快，时机便来了。当时朝廷中的大臣们，对朱由检这个皇帝的脾气摸不透、猜不到，不清楚他对魏忠贤等人的暧昧态度，到底是恩宠有加还是温水煮青蛙。他们都在寻思找一个如何保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。但最后倒魏的，竟然首先是是由魏忠贤的党羽发动的。
天启七年（1627年）农历十月十三日，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀。杨维垣是魏忠贤的党羽，在熊廷弼、王化贞一案上为魏忠贤卖力颇多，“四疏力攻，言纳廷弼贿四万，且列其鬻狱数事，反覆诋讦不休”。崔呈秀在魏忠贤门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。朱由检怎能放过这样的机会，便下旨免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。对于身为魏忠贤党羽的杨维垣却第一个挺身而出弹劾自己的同党，自断前程，这到底是反复无常的小人行径，还是他与崔呈秀有深仇大恨，又或是受人暗中指使，这值得再三玩味。
崔呈秀倒了，所有官员便心里大概有了个数，知道皇帝是要倒魏了，便奏疏接二连三地上弹劾魏忠贤的奏章。但朱由检一直不动声色，任由大臣们攻击魏忠贤。魏忠贤慌了阵脚，不得不有所行动。他便不停的找朱由检的哭诉，说自己忠心耿耿，怎会贪赃枉法呢。对此朱由检是心里冷笑，脸上一片温柔，让魏忠贤放宽心。
然而，十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边政、；九、伤民财；十、亵名器。这份奏疏所列罪状魏忠贤大都可以坐实，魏忠贤这一次可是在劫难逃了。
顿时间，一石激起千层浪，朱由检立即开始行动。他召来魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，既可保富贵又可保命。第二天，魏忠贤请求引疾辞爵，得到朱由检的允许。魏忠贤的这一步，正是朱由检想要的。
天启七年（1627年）十一月一日，朱由检知道徐应元的事情后，大为斥责他，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香，为太祖朱元璋守陵。对于这样的结果，魏忠贤是特别满意的，反正自己似乎一无所有，但命还在，就似乎一切还在。然而，他跋扈张扬的脾气不改，出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。这无疑刺激了朱由检敏感多疑的神经。于是，朱由检下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。
天启七年（1627年）十一月六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲，最后自缢而亡。
