最近在这个中科助腾GenesClouds微生物数据分析平台对沙门氏菌做了几百组数据分析，然后整理了一份关于它的使用手册，有需要的朋友可以看看~
登录http://39.107.235.93:8080/ 点开网站进入登录页面，输入用户名和密码登录。
注：没有账户的点击右下角“注册”进行注册，再进行登录
登录网站后进入分析平台界面，点击菌株库中相应菌的数据库（如：沙门氏菌），进入操作页面。
操作页面：
上传菌种信息文件。
点击“导入”，进入导入选项，根据自己文件类型进行选择。选择“导入原始文件”或者“导入拼接文件”进入“关联文件”页面（图5），点击“添加文件”找到需要上传的fastq或者fast格式的文件，在“关联属性”中选择“key”，在“关联规则”中设置提取字段信息的规则：”[DATA]_*”，查看关联结果无误后，点“下一步”进行与现存数据库的数据进行比对查看信息是“新增”还是“覆盖”，在点“确定”等待上传完成。
创建分析任务
上传菌种文件完成后，选中要分析的菌株信息，点击“创建分析任务”，进入“菌株分析”页面，选择要进行分析的项目（拼接分析、毒力、耐药分析、沙氏门菌血清型分析、cgMLST、SNP分析等）：
a.如果上传的是原始文件则要先进行“拼接分析”根据测序文件的类型在这选择
“separated pair-end reads”，点击“确定”，等待拼接结果分析完后，再打开“菌株分析”页面，进行MLST或者cgMLST等分析。
b.如果上传的是拼接文件，则不需要进行拼接分析，直接可以进行MLST或者cgMLST等分析。
c.提交任务后，点击“查看”，再点击“我的分析任务”进入“我的分析任务（如：沙门氏菌）”页面查看任务进度。
d.分析完成后会在相应的分析项目中呈现，点击“刷新”按钮更新数据库。
【待续】
