叶绿体基因组Pi分析（Nucleotide diversity）

共有基因和基因间区Pi可视化

今天主要分享绘制这一张图需要做的工作。

1. 准备正确注释的gb文件（自己注释以及NCBI上下载的想比较分析的物种gb文件）
2. 从注释文件中提取共有基因和共有间区序列
3. 使用DNAsp计算其Pi值（Nucleotide diversity）
4. 按照基因和间区序列在叶绿体基因组上的位置进行排序
5. 可视化

写在末尾
提取间区序列，一直使用的是PGA里面带的一个脚本，但是最近感觉脚本不能很好的考虑首尾的基因，看不懂perl语言，因此用Python自己写了一个。 绘制这样一张图还是比较费劲的，差不多用到了9个脚本。然后再使用R进行可视化，PS修图。
如果有需要，可以加Q联系：753392597