（1）行政机关依法作出金钱给付义务的行政决定，当事人逾期不履行的，行政机关可以依法加处罚款或者滞纳金。但只有金钱给付义务行政机关才可以加处处罚，本题为补种树木的人身义务，不能按日加处处罚，A选项错误。

        （2）根据《行政强制法》的规定，行政机关依法作出要求当事人履行排除妨碍、恢复原状等义务的行政决定，当事人逾期不履行，经催告仍不履行，其后果已经或者将危害交通安全、造成环境污染或者破坏自然资源的，行政机关可以代履行，或者委托没有利害关系的第三人代履行。本题中，陈某滥伐树木属于破坏自然资源的行为，行政机关有代为补种树木的权力，所以，B选项正确。

        （3）行政机关不得因当事人申辩而加重处罚，行政机关从拟罚款300元因当事人申辩而加重到罚款500元，属于违反行政处罚程序的行为，C选项错误。

        （4）D选项，责令补种树木的性质属于行政处罚，满足行政处罚的惩戒性核心特点，惩戒性包含两个要素：第一，目的是惩戒；第二，实现惩戒目的的方式是给当事人增加负担。本题中陈某未办理林木采伐许可证而砍伐2棵杨树，林业局却要求其补种5颗树木，在恢复当事人对于社会秩序的破坏之外，还增加了新的负担，而这种新的负担的增加目的在于对当事人的惩罚。从法律规范上看，立法者也把责令补种树木定性为行政处罚，比如，《森林法实施条例》第39条规定：“滥伐森林或者其他林木，以立木材积计算不足2立方米或者幼树不足50株的，由县级以上人民政府林业主管部门责令补种滥伐株数5倍的树木，并处滥伐林木价值2倍至3倍的罚款。滥伐森林或者其他林木，以立木材积计算2立方米以上或者幼树50株以上的，由县级以上人民政府林业主管部门责令补种滥伐株数5倍的树木，并处滥伐林木价值3倍至5倍的罚款。超过木材生产计划采伐森林或者其他林木的，依照前两款规定处罚。”

        通过第三款的“依照前两款规定处罚”的表达，可以知道立法者认为责令补种树木与罚款一样，均为行政处罚的种类，所以，D选项错误。

        综上，本题答案为B。