1582年六月一日，织田信长率众随行一百人去了京都和公卿贵族召开联谊会，之后准备西上会合明智光秀、羽柴秀吉，共同围歼毛利家。同时，明智光秀也率领一万三千人从丹波城出发，准备开赴战场。
信长下榻本能寺，在那里会见了前来拜见的公卿贵族，并且为此举办了盛大的茶会。自从打败武田信玄后，信长已然成为天下的实际掌控者，朝廷方面几次想给信长加官进爵，让他从三个位极人臣的官位——征夷大将军、关白和太政中选择其一，但信长似乎对此并不感兴趣，并没有要接受官职的意思，这让朝廷大为惶恐。
拒绝朝廷册封却实际掌控天下，意思很明显：信长连天皇这个名义上的上司都不想要了，他想要推翻朝廷，建立一个无论是名义上还是实际上都归由自己掌握的天下。“天下布武”，武士能够随心所欲地统治天下，不再有任何的障碍。而朝廷，在信长眼里也属于障碍。
这是信长内心最真实的想法，但他没有在公卿贵族中表现出来。由日本大名、公卿以及宗教界人士共同维系的“菊花王朝”，已存在两千多年之久，作为日本最高统治者象征的天皇，已然成为一种文化，深深地植入到每个日本人的心中。历代大名无论多么强悍，都始终承认天皇是日本的最高统治者，幕府只是得到天皇的授权来统领日本，实际上还是天皇的臣子。
信长想要做的，就是推翻这种制度、这种文化，彻底地打破日本人心中延续上千年的意识形态，再造一个全新的世界。
茶会结束后，公卿贵族们陆续离开，信长依旧和自己的长子信忠继续在喝酒，一直喝到大半夜信忠才离开。
茶会的当天下午四点，明智光秀借口信长要在京都举行阅兵仪式，于是将军队开向了京都。
光秀将一万三千人马分为三队：光秀本队至京都府内地藏院布阵；明智秀满率部渡过桂川；另一部队由明智光忠率领，前往松尾的山田村。
光秀率领部队进入京都府山城国后，命令士兵将本地到本能寺路上的所有行人都诛杀殆尽以防泄密。之后秀满率部渡过桂川和光秀本队会合。此时，光秀下达命令：点燃铁炮，随时准备战斗。
光秀此时公开了自己的目的，他开始激情洋溢地向士兵发表振奋人心的演讲：“口口声声天下布武，却杀人无数，自以为神，荼毒天下生灵，将天皇的尊严置于脚下，火烧佛教圣地，人神共愤，对手下拜百般羞辱，种种恶行不胜枚举，已经到了忍无可忍的地步了，我今日就要替天行道消灭大魔王织田信长。”
鼓舞人心振奋士气之后，光秀下达了进攻本能寺的命令。
六月二日凌晨，信长醉酒还在酣睡，而此时身边的近侍森兰丸慌里慌张地叫醒了信长，外面震耳欲聋的铁炮声和士兵的打架声彻底惊醒了信长。森兰丸向信长报告：明智光秀谋反了！
光秀的军队已杀至本能寺，信长随行只有一百人，面对上万的大军，还没有城池防御，自然是凶多吉少。森兰丸已经率领几个近侍和光秀的军队厮杀一团，信长穿着睡衣拿起长枪，信誓旦旦地要活捉光秀，然后让他切腹。
光秀自知信长有多么厉害，自然不会亲自率部和信长正面冲突。他此时坐镇在远远的三条堀河，将本能寺里里外外包了四层，并将本能寺周围的出口全部派重兵把守，以防信长逃脱。
信长其他不在本能寺的手下闻讯赶来救驾，试图突入寺中，但最终都身死失败。
大约半个小时候，战斗渐渐地分出了胜负。此时的信长已经头发散乱披在肩上，经历过数次短兵相接后，他已经累得气喘吁吁。他的腹部被铁炮打伤，手肘也被枪刺伤，身边的护卫尽皆战死，只剩下森兰丸兄弟。
信长看着眼前的叛军，看着熊熊的大火，他想起了“奇袭桶狭间”一战，他采用偷袭的方式打败了远离大部队的今川义元。而如今，自己也遭受同样的命运，远离大部队、部将谋反偷袭，只不过，那次是雨夜，而今是火海。这件事也告诉我们：人心叵测，身为主公，千万不要远离自己的军队独自出行。
信长不想再做抵抗了，他狠狠地摔下了长枪，怒吼了一声，朝着本能寺的内殿走去。
此时的本能寺，因为光秀的军队在战斗中使用了大量地火矢和铁炮，已经成了一片熊熊燃烧的火海，走进内殿的信长，在烈焰中焚烧了自己的身躯。天下霸主织田信长，并未享受到作为霸主的多少喜悦，自尽于本能寺，时年四十九岁。
