最近两周的时间都在安装论文数据分析需要用到的软件，由于软件依赖4个perl模块，实验室的服务器自己没有root权限，（加之wget命令不知出了什么问题，还有装好的R语言包也有一部分不能用了，用install.packages()安装R包也一直报错，conda也没法用了，都暂时没有找到原因）试着找了普通用户安装perl和perl模块的教程，试了好几种网上的教程暂时都还没有成功，只能暂时放弃转而在自己的笔记本电脑上安装的linux系统上进行，有root密码就是好，cpan install perlmodule 轻轻松松装好了需要的perl模块，sudo apt install dependence 轻轻松松安装好了要用到的软件所依赖的软件。安装完高兴了一天，运行数据时由于电脑性能不太好基本上就不能再运行其他程序了，数据量13G...
不知道写了点啥，反正主题应该是自己最近两周时间的心情吧，最开始发现可以用来分析自己试验数据的最新软件的欣喜，然后在服务器安装过程中遇到的各种问题时的失落，再到在自己电脑上安装成功时的欣喜，运行示例数据成功时的希望，紧接着又是分析自己数据时由于数据量较大，电脑性能不足时的失落。。。起伏起伏起伏。。。。祈福，难道是在偷偷的告诉我要向上帝做一个祷告吗？
刚好前两天在知乎“读博读傻是一种怎样的体验”这个问题下看到的回答：一会想到了解决方案瞬间自信心爆棚，觉得人生美好前途一片光明；一会儿又看着眼前的数据瞬间低落，顿觉人生有失去了存在的价值；一会儿想跑出去大喊我爱这个世界，想好好关爱每一个人；一会儿又觉得这个世界没有好人，秒秒钟想报复社会。完美的描述了自己这将近两周的时间里的心路历程。或许这也是到多数读研读博人的共同心声吧？
20181121晚10点
题外话：目前在尝试写叶绿体基因组的论文，尝试使用已经公布的二代测序数据组装完整的叶绿体，利用已经公开发表的软件成功率有点低，今天稍微有了一点新的进展，之前一直单一在使用chloroExtractor这款软件，大单拷贝区很容易出现gap导致不能够组装出完整的大单拷贝区，反向重复区和小的单拷贝区是完整的，今天尝试了一下NOVOPlasty这款软件，简单的原理应该是利用种子序列向两端延伸，虽然不能够用来组装出完整的叶绿体基因组，但是可以用来填补上面提到的大的单拷贝区的gap（chloroExtractor组装结果哪里出现gap，就用对应的亲缘关系较近的物种的这部分序列作为种子文件使用NOVOPlasty向两端延伸）,两个软件组装出的scaffords，再利用blast把scafford拼接到一起，可以得到完整的序列，但是不知道这种方法是否正确。。。先得到结果再说吧！
