题目：Truncations of Titin Causing Dilated Cardiomyopathy
作者：D. S. Herman等
期刊：the New England Journal ofMedicine
发表时间：2016年2月
DOI：10.1016/j.jacc.2018.03.462
==============================================================
一. 研究人群
312例IDC患者。92例招募自Brigham and Women’s Hospital（A组），71例招募自during evaluation for cardiac transplantation at the Royal Brompton and Harefield National Health Service Trust（B组），149例prospectively recruited in Colorado or Italy into a Familial DCM registry（C组）。
231例HCM患者，招募自Brigham and Women’s Hopsital or the Myao Clinic。
249例健康对照者。
二. 方法
分析的基因
TTN
测序方法
TTN经filter-based hybridization capture with minor modifications富集后，使用NGS或Sanger法测序。
突变筛选与注释
1) Population data：frequency in the 100 Genomes Project < 0.01; 不在本研究的个体中出现。
2) Segregation data
三. 结果
1) 对于使用NGS进行测序的患者，其>97%的targeted base测序深度≥20。
2) 792个研究个体中，共发现951个罕见TTN突变（预测可改变titin氨基酸序列的错义、无义、移码、剪接或CNV）。DCM患者中的突变包括：47例患者中的44个无义或移码突变、19例患者中的17个剪接突变（其中11个altering absolutely conserved splice-site nucleotide），1例患者中的1个CNV。部分突变在家族性DCM中表现出与DCM共分离。
3) TTN中的DCM相关截断突变多位于A带，未出现在Z盘及M带。
4) 拥有TTN截断突变及无截断突变的DCM患者在诊断年龄、LV end-diastolic dimensions、射血分数、心脏移植率、LVAD置入率以及death from cardiac causes方面无显著差异。
四. 结论
作者在67例DCM患者中发现了TTN截断突变，而TTN截断突变也被认为是DCM最常见的原因（约占家族性DCM的25%及散发性DCM的18%）。
============================================================
评论
1. 作者为什么要选择TTN基因？
下面是原文中所提供的一些理由：1) 遗传学及群体数据：TTN在之前的研究中，在三个家族中被认为与DCM有关。2) 功能学数据：TTN是人类中最大的蛋白质，第三多的横纹肌蛋白，可provide passive force以及modulate the active contractile force。
2. 作者为什么着重关注truncating variant？请梳理一下truncating variant与missense variant, nonsense variant, frameshift variant, splicing variant的关系。
原文中作者将本文的分析重点放在截断突变（truncating variant），包含nonsense, frameshift, splicing, and copy-number variants。因为这些突变predicted to have a profound effect on the structure of full-length titin polypeptides。
We defined PTVs (4) (table S1) assingle-nucleotide variants (SNVs) predicted to introduce a premature stop codonor to disrupt a splice site, small insertions or deletions (indels) predictedto disrupt a transcript’s reading frame, and larger deletions that remove thefull protein coding sequence (CDS). (Rivas, et al. Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome. 2015)
所以PTV是基于编码蛋白质的长度的定义。PTV的结果应当是蛋白质长度有较大比例的缩小，而不是一个或少量几个氨基酸的改变和/或缺失。
相较于参考序列，根据碱基发生缺失或增添的数目（分类方法I）可分为：-3m（缺失而无移码）、-(3n±1)（缺失且移码）、0（无碱基缺失或增添，但碱基种类改变）、+3m（插入而无移码）、+(3n±1)（插入且移码）。
常用到的描述突变术语的分类标准（分类方法II）不统一：1) 错义突变missense variant（0突变，基于对蛋白质的影响）；2)无义突变nonsense variant（0突变，基于对蛋白质的影响）；3) 导致剪接异常的突变（基于对RNA的影响）；4) 插入/删除insertion/deletion（±3m, ±(3n±1)，基于对DNA数目的影响）；4a)移码突变frameshift variant（±(3n±1)，是前一项的子集）。
3) 文中有对于NGS与Sanger测序对于检测TTN突变的比较，有何结果？
A组及B组使用NGS，所发现的TTNtv阳性患者分别为28%和24%，而C组使用Sanger测序，所发现的TTNtv阳性率为9%。由于所使用的人群不同，所以不能得出“NGS比Sanger测检出TTNtv的阳性率更高的结论”。
