生信学习第三天

Linux环境下的软件安装

一. 了解Miniconda

Miniconda类似于App store，集日常生信所需软件于一身。
Miniconda — Conda documentation

二. 下载Miniconda到服务器

1. 新建目录

mkdir biosoft

2. 下载Miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

网址如下：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意：右键粘贴，不是Ctrl V

3. 安装Miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

4. 激活Miniconda

source ~/.bashrc

注意：激活才能使用

5. 添加镜像

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

复制粘贴后，按Enter

三. 使用conda

1. 查看当前服务器所有的软件

conda list

2. 安装fastqc这个软件

conda install fastqc -y

注意：-y表示yes，即同意所有安装步骤

3. 确认fastqc是否安装

fastqc --help

查看fastqc的帮助文档来确认是否安装

4. 卸载软件

conda remove fastqc -y

四. 构建conda环境

1. 查看当前conda环境

conda info --envs

2. 新建一个conda环境

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

3. 激活新的conda环境

conda activate rna-seq

4. 退出当前环境

conda deactivate