生信学习第三天
Linux环境下的软件安装
一. 了解Miniconda
Miniconda类似于App store，集日常生信所需软件于一身。
Miniconda — Conda documentation
二. 下载Miniconda到服务器
1. 新建目录
mkdir biosoft
2. 下载Miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
网址如下：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意：右键粘贴，不是Ctrl V
3. 安装Miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
4. 激活Miniconda
source ~/.bashrc
注意：激活才能使用
5. 添加镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
复制粘贴后，按Enter
三. 使用conda
1. 查看当前服务器所有的软件
conda list
2. 安装fastqc这个软件
conda install fastqc -y
注意：-y表示yes，即同意所有安装步骤
3. 确认fastqc是否安装
fastqc --help
查看fastqc的帮助文档来确认是否安装
4. 卸载软件
conda remove fastqc -y
四. 构建conda环境
1. 查看当前conda环境
conda info --envs
2. 新建一个conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
3. 激活新的conda环境
conda activate rna-seq
4. 退出当前环境
conda deactivate
