脚本更新--高精度空转(Xenium、CosMx、HD)空间配受体共表达评分

作者,Evil Genius

有些学员可能太焦虑了啊,其实没什么,不就是失业或者迷茫一段时间么,每个人都会经历。

内心接受自己的平庸和普通,才是真正的开始。

不就是跟我一样没房没车,没存款,回家躺平一段时间,真的没什么,太原的公司老板很多都不在乎员工的死活,很多同事都是想留在家乡,有份工作就行,但是家乡的人不得不说,比外面差得太远,比起这些没有道德底线的老板们,我们什么都不做就是行善积德了。

但是如果内心一定要和别人比较,那焦虑永远没有尽头。看见了别人买房,看不见别人过万的房贷;看见了别人身居高位,看不到高处不胜寒。

张雪峰说过,想挣钱的第一步,就是把事情做好。

今天我们更新脚本

我们简单复习一下,空间通讯需要注意的事项

1、尽量分析亚群通讯,亚群分类采用空间的分析方式。
2、分析邻域通讯,即通讯的范围通常限制在200um范围内。
3、分析邻域通讯,必须要考虑接触式配受体,不要给漏了。
4、不要忘记对复合物的处理

今天我们实现第四步:空间展示以及热点通讯区域。

现在大家做xenium通常一张芯片放好几个样本,而且都不规则

大家一定好区分好每个fov的病理信息和分组,区分通讯在不同分组间的差异。

高精度数据一张芯片少说几十万细胞,对服务器性能要求也不低。

这里取一个FOV作为分析示例

分析到配受体的空间信息,下面只是一个示例

认真分析的话会得到下面类似的结果

我们来实现一下

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