注释数据库KEGG和GO
KEGG
构成
- KEGG是一个综合数据库，里面包含了很多种类的信息。KEGG数据库包括PATHWAY、KO等多个子库。
PATHWAY
- KEGG pathway的检索结果是一张描述不同基因在某一过程中相互作用的图
- 每个KEGG pathway都有一个标识符，这个标识符由一个字母前缀和一个五位的数字组成
KEGG PATHWAY
PATHWAY前缀
对于KEGG pathway来说，前缀可以有以下五种
* map：基因互作的通路图
* ko：在map的基础上高亮显示基因（点击可以展示具体信息）
* ec：在map的基础上高亮显示参与反应的酶（点击可以展示具体信息）
* rn：在map的基础上高亮显示发生的生化反应（点击可以展示具体信息）
* <org>：查找特定物种的通路图（每个物种有一个专用的编号，比如人是hsa，如果不知道号码是什么，可以点击Organism按钮，输入拉丁名就可以显示编号，并将其加入搜索框）
PATHWAY数据库使用ko前缀检索
KO
- KO数据库是用来搜索基因的。同样，每个基因也有一个标识符。在KO数据库中，这个标识符以K开头，后加一个五位数字。
- KO的搜索结果包含与基因有关的一系列信息，包括名称、参与的通路、相关的疾病等
- 注意KO数据库里搜出来的是基因，PATHWAY的ko前缀里面找出来的是通路，但KO数据库里找出来的基因的信息里展示了对应的ko通路
KO数据库检索结果
GO
GO数据库
GO term
- GO数据库从三个不同的角度对同一基因进行描述。这些描述词汇称作GO term
- 细胞学组分（cellular components，CC）
- 分子功能（molecular functions，MF）
- 生物学过程（biological process，BP）
细胞组分
- 细胞中的位置
- 指基因产物位于何种细胞器或基因产物组中
分子功能
- 描述在分子生物学上的活性，如催化活性或结合活性
- 只定义功能，也不指出这些功能具体的时空信息
生物学过程
- 由分子功能有序地组成的，具有多个步骤的一个过程
- 与一个生物学通路不完全相等
GO注释
- 用一系列GO term对某一基因进行描述
- 一个基因可能不止一个GO term
GO检索
- 在GO中进行检索，可以得到三种结果
- Ontology：这里显示了与检索词匹配的GO term
- Genes and gene products：这里显示了与检索词匹配的基因及产物
- 点击基因名可以查看描述这个基因的GO term
- Annotations：这里显示的是GO term与基因及产物之间的对应关系
- 因为一个GO term可对应多个基因，一个基因也可对应多个GO term，因此这里的条目非常多
GO检索结果
GO富集
- GO数据库首页提供了在线进行富集分析的功能
