在一间中世纪风格的实验室中，塞满了笨重、粗大的器械，这些器械可用于种种想入非非的试验。
浮士德曾经的学生，现在已是学界泰斗的瓦格纳坐在炉火旁，突然铃声响了，传来可怕的声浪（这是刚才靡菲斯托拉铃的声响），瓦格纳仍盯着曲颈瓶心里焦灼不堪，曲颈瓶里出现明亮的白光，他的试验就要成功了，这时却传来砰砰砰的打门声，靡菲斯托走了进来。
原来瓦格纳进行的试验是在曲颈瓶中造一个新人，瓦格纳实际上是一个脱离现实的幻想家，他认为人类具有伟大的天赋，应该有新的生殖方式，自然的生殖方式不仅过时而且粗俗，他立志进行一个试验，以找到新的造人方式。
他把数百种物质进行混合，调配成人的元素，然后将其密闭进烧瓶，再加热蒸馏到一定程度，自然就会产生出不少的有机物，再以结晶的方式将其析出，现在他的试验已到关键阶段，曲颈瓶中的结晶体越来越清亮，瓦格纳感到信心倍增。
靡菲斯托则不以为然，他说他早见过结晶的种族（实际上指僵化刻板的人），瓦格纳搞的东西已不新鲜。
瓦格纳的注意力却全在烧瓶上，他一直注视着曲颈瓶，对靡菲斯托的话不屑一顾，这时他发现有股神秘的力量使玻璃瓶叮当作响，先是浑浊，然后澄清，他看见小小的一个男孩，动作优雅，仪态大方，还传来美妙的人声。
这小人在烧瓶中呼唤瓦格纳，他叫瓦格纳爸爸，他身子细小，透明，却有超人的智慧和追求的毅力，他叫荷蒙库鲁斯。
他要求瓦格纳将他拥抱，又对靡菲斯托说他想尽快工作，只有靡菲斯托能帮他。
靡菲斯托指着侧门，让他处理浮士德遇到的爱情问题，侧门开启，可以看到浮士德仍然仰卧在床上。
荷蒙库鲁斯马上有了兴趣，烧瓶从瓦格纳手里滑脱，飘到浮士德头顶，照耀着他。
荷蒙库鲁斯已经看到了浮士德睡梦中的景象：在一片茂林沃野，湖水清澈，一群少女千娇百媚，其中有一位最出众，她就是斯巴达王后丽达。
王后把脚浸进透明的湖水中，吸取水晶般的柔波的清凉，一阵剧烈的震动翅膀声，搅乱了湖面的平静，少女们含羞躲避，唯有王后从容举目观望，带着女性的自豪和快意，看着天鹅之王偎依到她膝间，这是宙斯变成的天鹅，来到湖边与丽达相会（他们结合生了绝代美女海伦）。
对荷蒙库鲁斯说的景象靡菲斯托表示不可相信（靡菲斯托是北欧中世纪迷信的产物，对古希腊神话世界自然是陌生的，所以他看不见），荷蒙库鲁斯说靡菲斯托只配主宰黑暗的世界。
荷蒙库鲁斯觉得，如果浮士德醒来看到自己身处石墙发黄，霉臭刺鼻又憋闷的书斋，肯定会立刻死去，他的梦境中有林中湖泊、天鹅和美女，他决定要带浮士德到那里去。
可他转念一想，眼下正值古典的瓦普几斯之夜（传说，古希腊的精怪于每年的六月六日，即凯撒战胜庞贝纪念日前夜，都要在特萨莉亚的平原上聚会），先去那儿浮士德也一定会称心如意。
荷蒙库鲁斯用斗篷将浮士德裹住，用毡子把浮士德和靡菲斯托托起在空中，自己在前面引路。瓦格纳则被留下继续他的试验。
之后，他们迅速向珀涅俄斯河飞去。
