【转】Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...

本文转载自:http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml

最近在做KEGG富集分析时,碰到了一个问题,问题如下:

Reading KEGG annotation online:

fail to download KEGG data...

Error in download.KEGG.Path(species) : 

  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...

In addition: Warning message:

In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :

  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

通过学习Jimmy老师的文章,http://www.360doc.com/content/22/0604/23/76149697_1034565139.shtml,问题已解决,非常感谢Jimmy老师!在此做一个记录,仅供学习交流,如有侵权,请联系我,立马撤掉。


Y叔的clusterProfiler包的下载协议是:

getOption("clusterProfiler.download .method")

[1]"libcurl"

下载函数(utils:.download.file和downloader:.download)使用默认的方法,也就是 'auto’是可以去访问的,

但是如果是"libcurl"的协议,就会失败。

所以,最简单的解决方案就是修改这个默认的协议即可,解决方案:

install.packages("R.utils")

library(R.utils)

R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto")

之后,再运行enrichKEGG就可以跑通了。


KEGG数据库没有倒闭,Y叔的clusterProfiler包也问题不大。仅仅是因为R语言里面的下载文件的函数的协议需要注意,这两个函数两个下载函数(utils:download.file和downloader:.download),都太底层了。初学者确实不容易找到问题所在。


道阻且长,行则将至 行而不辍,未来可期

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容