今天分享一篇生信文章,题为Identification of Key Genes, MicroRNAs and Potentially Regulated Pathways in Alcoholic Hepatitis by Integrative Analysis,该文章于2019年11月15日发表于Gene杂志,影响因子为2.638,通讯作者单位是西南医科大学附属中医院临床实验室。
研究思路:
1.寻找差异表达基因(DEG)和差异表达miRNA(DEM):使用GEO public database中GSE28619和GSE59492数据,用GEO2R做volcano plot;
2. CEGs采集与KEGG富集分析: Cytoscape software and its CyTargetLinker application (http://www.cytoscape.org/)、Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery (DAVID)
3. Hub基因与关键miRNAs的筛选: PPI网络、CyTargetLinker plug-in of Cytoscape
4.人群中验证Hub基因与关键miRNAs:Western blot analysis、RT-qPCR analysis