Mac苹果电脑/Windows系统安装MIMIC数据库相关步骤一权限申请及数据下载
MIMIC的最新版本是MIMIC-III v1.4,其中包括61,532张重症监护病房:成人患者为53,432例,新生儿患者为8,100例。数据跨度为2001年6月至2012年10月。尽管该数据库已被取消身份识别,但仍包含有关患者临床护理的详细信息,因此必须给予适当的护理和尊重。
寻求使用数据库的研究人员必须通过以下步骤正式请求访问权限。
完成所需的培训课程
在请求访问MIMIC之前,您需要完成CITI“仅数据或标本研究”课程:
首先在CITI计划网站上注册,然后选择“Massachusetts Institute of
Technology Affiliates”作为您的affiliation (not “independent learner”):
https : //www.citiprogram.org/index.cfm?pageID=154&icat=0&ac=0
单击链接以添加Massachusetts Institute of Technology Affiliates course。在“人类受试者”培训类别中,选择“Data or Specimens Only Research”课程,可以重复答题,不要怕错,但是仔细看后基本可答对。
完成课程并保存完成报告的副本。完成报告列出了所有已完成的模块,以及日期和分数。
请求访问MIMIC-III:
在PhysioNet上注册帐户:https://physionet.org。如果您已经拥有PhysioNet帐户,请登录。
转到项目页面:https://physionet.org/content/mimiciii/
以下为申请填写界面
在项目说明中找到“Files”部分
单击“凭据用户”链接,然后按照说明提交您的应用程序以进行凭据访问。请记住提供您的CITI完成报告。
批准您的应用程序后,您将收到一封电子邮件,其中包含有关从PhysioNetWorks下载数据库的说明。批准可能需要几个工作日,如果您的要求缺少任何必需的信息,批准将被延迟。
请确保提供所有要求的信息。明显不完整,不正确或轻率的提交内容可能会被丢弃,恕不另行通知。
如果您是学生或博士后,则必须在表格的“reference”部分中提供老板的姓名和联系信息。如果您未在组织网站的目录或其他易于查找的页面中列出,请提供其他reference名称(例如主管或同事)和联系信息。不要列出自己作为参考。
确保从CITI“仅数据或标本研究”培训计划中上传完成报告(PDF或图像文件)。完成报告列出了所有已完成的模块,以及日期和分数。如果您想提交多个页面,请将它们合并为一个pdf文件。
预防措施
PhysioNet维护的受限访问临床数据库的内容源自包含HIPAA定义的受保护健康信息(PHI)的原始数据。数据提供者对定位和删除所有PHI的任务给予了严格的关注,因此可以认为剩余数据是未标识的,因此不受共享PHI的HIPAA隐私规则的限制。
但是,我们要求您采取一切合理和谨慎的措施,以维护PhysioNet受限数据的物理和电子安全性。如何执行此操作取决于您的决定,但是我们希望您认真对待安全问题,并确保只有您自己可以访问数据。
权限申请过后:
1.一旦您的访问MIMIC的申请获得批准,您将被授予访问PhysioNet上的“ MIMIC-III临床数据库”项目页面的权限:https://physionet.org/content/mimiciii/下载压缩数据包压缩大小:6.2GB,解压约43G;
数据和构建脚本
MIMIC是作为逗号分隔(CSV)文件的集合提供的,以及用于帮助用户将数据导入流行的数据库系统的脚本。可以在MIMIC代码存储库中找到Postgres,MySQL和Oracle的脚本:https:
//github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic
1.点击右边的“Clone or download”,然后在弹出的窗口中点击“Download ZIP”,会自动下载一个文件名为“mimic-code-master.zip”的压缩包文件。
2.提取“mimic-code-master.zip”压缩包“mimic-code-master\buildmimic\postgres”目录下的 postgres_add_indexes.sql
postgres_checks.sql
postgres_create_tables.sql
postgres_load_data.sql
共4个sql批处理文件到一个临时目录,这里我提取到目录“/Volumes/MIMIC/PostgreSQL_scripts”下(同样的,为避免安装过程中不必要的麻烦,建议大家的解压目录里不要带空格和汉字,另请记住自己的解压目录,后面我们要用到)。