明末三大疑案中的红丸案、移宫案 都发生在乾清宫。另外，明朝嘉靖年间“壬寅宫变”也是发 生乾清宫，嘉靖皇帝昏庸无道，为了炼制长生不老的仙丹，让宫女们不论春夏秋冬都沐浴更衣换上薄纱到露台承接露水，再 加上种种凌辱，这些宫女不堪忍受。
在杨金英的带领下，10 多名宫女联合起来，趁皇帝熟睡之时，想用绳子将嘉靖勒死。 慌忙中绳子打了死结，一些宫女见情况不对就跑去告诉皇后, 皇后急忙带人赶到救下了皇帝，结果这批宫女一起被凌迟处 死。因为这件事发生在壬寅年间，因此称为“壬寅宫变”。
清朝皇后不居坤宁宫是为了避亡者的晦气，如崇祯皇帝的周皇后即在此自缢身亡。其实，清朝入关之后，已经有三位皇后曾居于坤宁宫，孝惠章皇后(科尔沁亲王吴克善孙女，顺治外甥女，顺治的第二任皇后)、孝诚仁皇后(索额图侄女，康熙的第一任皇后)、孝昭仁皇后(遏必隆之女，康熙的第二任皇后)。康熙的前两位皇后不但住在坤宁宫，也死在了坤宁宫。
