妈祖出生于仕宦之家，是福建晋代晋安郡王林禄的二十二世孙女。是当地的望族。她原名林默，妈祖父亲林惟悫，母亲王氏，人多行善积德。九牧六房林蕴之裔。

一天晚上，王氏梦见观音大士慈祥地对她说：“你家行善积德，今赐你一丸，服下当得慈济之赐。”于是便怀孕了。北宋建隆元年（960年）三月二十三日傍晚，王氏将近分娩，只见一道红光，从西北射入室中，光辉夺目，香气飘荡，久久不散。又听得四隆隆作响，好似春雷轰鸣，地变紫色。王氏感到腹中震动，妈祖于是降生。妈祖出生奇异，王母甚为疼爱。她出生至满，一声不哭，父亲给她取名“默”。妈祖有一个哥哥和五个姐姐。八岁时到一所私塾读书，老师所教文章她能很快融会贯通。十岁余，她信佛焚香念经，早晚不懈。十三岁时，老道士玄通经常往来她家，对她说：“你具仙性，应得渡入正果。”于是授以“玄微秘法”。她依法修炼，均能领悟要旨。

妈祖16岁这年秋天九月，有一天，她的父与兄驾舟渡海北上，当时妈祖正在室中精心织布，忽然伏在织布机上闭起眼睛，脸色突变。一手抓梭，一手扶杼，两脚紧踏机轴，拼尽全力在挣扎扶持，唯恐有失。其母发觉后，十分惊恐，急忙把她叫醒。妈祖于是失手将梭掉在地上。她睁开眼睛，顿足高声哭说：“我父得救，哥哥坠海死了！”其母听罢，十分惊慌，连忙差人打听消息。不一会儿有人来报，妈祖所言果然属实。当时其父在怒涛中，仓皇失措，几次将翻船，若似有人稳住其舵，与她哥哥的船靠近，无奈其兄已是舵摧舟覆了。当时妈祖闭着眼时，脚踏着的是父亲的船，而手抓的是兄船的舵，母亲把她叫醒，梭坠地，兄船舵摧倾覆了。父亲脱险返航，而其兄则被汹涌的浪涛所吞没。兄溺水后，妈祖陪着母亲、嫂嫂和几个村民一道驾船径往茫茫大海寻找哥哥的尸体去了。当时海水汹涌，他们突然发现一群水族聚集海面，大家不由得害怕起来。妈祖说，不要怕，并告诉水族不必迎接。突然水色变清，她哥哥的尸体已浮于海面。这时大家才知道是水神护尸来了。终于把兄尸载回，湄洲岛民无不称赞她孝顺和慈善。

湄洲之西，有一个地方叫文夹（今名文甲），为湄洲湾出入的要冲。礁石夹杂，分布基地。有一次有艘商船经过这里遭到飓风袭击，船角触礁，海水涌进船舱，情况十分危急，船员哀号求救，妈祖知道后，非常焦急，忙对村民说：商船即将沉没，应赶快前去援救。可是大家看着狂风巨浪，不敢向前。在这紧急关头，妈祖信手将脚边小草，找了几根，抛向大海。霎时间，几根小草变成大杉，排驾流向船旁，商舟有大杉相符，于是不致沉没。不一会，风平浪息，船上的人相庆大难不死，都以苍天相助，互相庆贺。待到将船靠岸，忽发现大木不知去向，询问乡人，才知化草成杉附舟，乃是妈祖的神奇功力。这就是传说中的《化草救商》。话说当时湄洲屿西北方有二神：一聪而善听，号顺风耳。一明而善观，号千里眼。二神经常出没作祟，村民甚受其苦，祈求妈祖惩治。妈祖混杂在妇女当中上山采摘，经十余日，方与之相遇。二神误以为妈祖是民间女子，将近前，经妈祖将手中丝帕一拂，遂霾瘴蔽空，狂风卷地，两怪仍持斧疾视。妈祖说：敢掷下你们手中的斧幺？他们竟然丢下，但再也收不起来，因而咋舌伏法。两年后，二神又出来作祟。这次是在水上出现，乘涛骑沫，沉浮滚荡。当时巫觋都治不了它们。妈祖说：“江河湖海，水德攸钟，彼乘旺相之乡，须以土木方可克之。”于是演起神咒，林木震荡，呼呼作响，沙石飞扬，二神无处躲闪，于是拜伏在地，愿皈依妈祖。妈祖乃将他们收之为徒，作为耳目，为拯救海难，驱恶扬善效力。宋太宗雍熙四年（987），妈祖时年二十八岁。在重阳节的前一天，妈祖对家中人说：“我心好清净，不愿居于凡尘世界。明天是重阳节，想去爬山登高。预先和你们告别。”大家都以为她要登高远眺，不知将成仙。第二天早上，妈祖焚了香，念了经，与诸姐说：“今天要登山远游，实现自己的心愿，但道路难走而且遥远，大家不得与我同行，”诸姐笑着安慰她说：“要游去游就是了，何须多虑呢！”妈祖于是告别诸姐，直上湄峰最高处，这时，只见湄峰顶上浓云四合，一道白气冲上天空，仿佛听见天空有丝竹管弦奏起的仙乐声，直彻云天，彩虹辉映，妈祖乘长风驾祥云，翱翔于苍天皎日间。俯视人世，若隐若现。忽然彩云布合，不可复见。湄洲人仰头望去，无不唏嘘惊叹。此后妈祖经常显灵，乡亲们时常能看到她在山岩水洞之旁，或盘坐于彩云雾霭之间，或朱衣飞翔海上。常示梦显圣，救人急难，护国佑民。于是乡里之人就在湄峰建起祠庙，虔诚敬奉，后人前来朝拜者，络绎不绝。

神姑妈祖一生在大海中奔驰，救急扶危，在惊涛骇浪中拯救过许多渔舟商船；她立志不嫁慈悲为怀，专以行善济世为己任。