菌群分析概述

#如果要想做一个分析的话,至少要预留30倍以上的空间。

#学会编程解决大量重复工作可以极大提高工作效率

#数据分析的基本思想:大数据(序列)→大表(特征表)→小表(统计表)→图

#shell——《鸟哥的私房菜》,R-ggplot2——《数据分析与图片艺术》

#Mothur/Usearch(需购买)/Vsearch(Usearch的免费版)/QIIME2流程——从头到尾分析扩增子

#可视化的常用R包:vegan,phyloseq,microbiome

vegan在多样性分析和环境因子的关联上有很多非常成熟的函数和体系; phyloseq把进化树的信息整合进来了,可以做比较漂亮的关于进化的探讨和一些美化;microbiome包跟多组学关联还有跟表型的关联上,有一些自定义的函数可以使用。

#很多文章会再Github上提供作图代码,用那些现成代码改改,应用到自己的课题上,可以节约大量的时间。

#ImageGP——在线绘制20种图

#mageGP,提供R语言在线绘制,20多种常见的图,

参考:https://mp.weixin.qq.com/s/13f9sEPY4pEE2dimbTjPvA


Jeffery L. Dangl 和 Paul Schulze-Lefert,他们的文章不仅上传数据规范,而且分析代码可打包下载,是不可多得的优秀学术材料,重现高水平文章结果,对自己的分析、理解能力提高是非常显著的。

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