臧质攻占梁山西城后，自己请求乘胜去进攻东城，颜乐之劝刘义宣道：“如果臧质再一次攻克了东城，所有的大战功劳恐怕就要归在他一个人身上了，您最好派自己手下的将士去。”刘义宣忌惮臧质的战功，就派刘湛之和臧质一起出兵进击东城。
刘义宣到达梁山后，在梁山西岸安营扎寨，臧质和刘湛之率军向东城发起了进攻。王玄谟督统各路大军出来迎战，薛安都率领突击骑兵首先冲入敌方在东南方的阵营，攻下了那里，砍下了刘湛之的人头。
刘季之和宗越又攻陷了敌方的西北阵地，臧质的大军大败。垣护之放火焚烧了长江上的船只，江上大火熊熊，火焰盖住了江水，又蔓延到了西岸的堡垒阵营，敌军营垒几乎化为灰烬。
各路大军乘胜前进，刘义宣率领的大军也一败涂地，他单身一人乘小船逃走。追随他的荆州将士还有一百多只船跟在后边，但刘义宣将船上的门窗关得紧紧的，只是躲在里面不停地哭泣。
臧质打算去找刘义宣商议战事，可是刘义宣已经逃走，臧质不知道自己怎么办是好，也只好逃走了，手下士卒也大都投降或是逃散了，朝廷下令解除戒严。
臧质逃到寻阳，放火焚烧了寻阳的州府房舍，带着妻妾歌伎们继续向西逃命。他派自己最信任的何文敬率领剩余的士卒在前边开路，到达西阳。
西阳太守鲁方平骗何文敬说：“皇上的诏令说只逮捕元凶，对其余的人不再追究，你不如自己逃走算了。”何文敬听后，立刻抛弃他所率领的军队，独自一人逃走。
臧质曾经让自己的妹夫羊冲担任武昌郡守，于是，又前往武昌去投奔羊冲。但羊冲已经被郡丞胡庇之杀死，臧质找不到安身立足之处，只好又逃到了南湖，采摘湖里的莲子充饥。
追兵到来时，他就用荷叶盖住自己的头，将整个身子全都沉到湖水里，只露出鼻子喘气。但他的行踪还是被军主郑俱儿发现，郑俱儿举箭便射，正中心脏，士卒们乱刀齐下，臧质的肠胃都流了出来，和湖中的水草缠在了一起。
追兵们砍下他的头送到了建康，孝武帝下令将臧质的首级用漆封住，放在武库中，作为后人鉴戒，并将他的子孙也全部斩首示众。朝廷同时还诛杀了臧质的党羽刘怀之等人。朝廷对有功之臣柳元景等人，全都按功劳的大小进行了不同等级的封赏。
刘义宣逃到了江夏，听说巴陵有朝廷的军队，吓得又向江陵回逃，曾经追随他的将士差不多都逃散了。刘义宣和跟着他的左右十几个人徒步前进，他一辈子娇生惯养，哪里受过这种罪，脚疼得不能继续走，就向当地百姓租了辆没有顶蓬的车辆，自己赶着继续走，沿途靠讨饭来充饥。
好不容易到达了江陵郊外，刘义宣就派人去通报留守在江陵的竺超民，竺超民立刻派出华丽的仪仗队伍前去迎接刘义宣进城。
此时，在荆州一带，刘义宣还有一万多名武装将士，左右侍从翟灵宝劝刘义宣出来抚慰手下将士，告诉将士们说：“臧质违反了作战命令，以致于使我们失利。从现在开始，我们再重新整治武器、训练将士，进一步为我们将来的图谋打下基础。从前，汉高祖刘邦百次失败，最终成就了大业……”
结果刘义宣在犒劳士卒们时，却忘记了翟灵宝对他说的话，竟误说成“项羽失败了一千次”，惹得手下将士纷纷掩口窃笑。
鲁秀、竺超民等人还打算收拾好残余士卒，再一次进行决战，刘义宣却是沮丧无比，总是魂不守舍，进入后宅就躲起来，不再出来见人，左右心腹之人逐渐背叛离去，鲁秀也决定向北逃去。
刘义宣不能自己独立，打算跟着鲁秀一块儿逃走，于是带着自己的儿子们以及喜欢的五个爱妾，命令她们改穿男子的衣服跟随鲁秀一同逃走。
此时城内已是一片混乱，到处白刃相接、刀枪横飞，刘义宣害怕极了，竟从马上掉了下来，改作步行前进。竺超民把这一行人送到城外，换了一匹马让刘义宣骑，然后自己回到城里坚守。
刘义宣寻找鲁秀，没有找到，左右侍从们也全都抛弃了他。深夜，刘义宣走投无路，只得又回到南郡空无一人的太守府里呆着。第二天早晨，竺超民派人把他抓了起来，送到监狱。
刘义宣在监狱里，坐在地上不住叹息说：“臧质这个老奴才害了我！”他的五个爱妾不久就被押送出去了，刘义宣忍不住悲号痛哭，对狱卒说：“平时的日子并不算苦，今天和她们分别才是真苦啊！”
鲁秀的手下将士也都四散一空，他不能再向北前进，只好返回江陵，江陵城上的守军一齐向鲁秀射箭，鲁秀走投无路，投水自尽，江陵守军砍下了他的头。
孝武帝刘骏下令王公大臣给荆州刺史朱修之写信，让朱修之去通知刘义宣自裁。信还没有送到，朱修之已经进入江陵，杀了刘义宣，同时诛杀了刘义宣的十六个儿子以及同党竺超民、蔡超、颜乐之等人。
竺超民的兄弟本来应该被斩首，何尚之上书说：“贼寇刘义宣已经远远逃走，一个人就可以抓获他。如果竺超民是个反复无常、贪图小利的人，那么，他就应该逮捕刘义宣，这样，不但自己可以免于惩处，而且，还可以得到不义的封赏。但是，竺超民却并没有这种想法，从他的这一过失中，我们可以看到他的仁义之心。而且，竺超民为朝廷保住了江陵城池，他一直是小心地坚守江陵的仓库，端坐在那里等待被抓。如果我们今天连他的兄弟也要杀了，同其他叛逆贼党一样对待而无分别，刑罚就是过于重了。”于是，孝武帝特别赦免了竺超民的兄弟。
当初，晋朝向南迁移时，曾经把扬州作为京畿，朝廷所需要的布帛粮食等等，都由扬州提供。同时，晋朝又把荆州和江州作为重要的军事重镇，全国的精锐部队全都聚集在这二州，常年派大将驻守。
扬州、荆州、江州这三个州的人口数目，占了长江以南地区人口总数的一半。如今，孝武帝嫌这三地的军力、民力过于强大，所以打算把它们分割开来。
在京畿地区扬州分出浙江以东五个郡，设立东扬州，治所设在会稽；又从荆州、湘州、江州、豫州中分出八个郡，设立郢州，治所设在江夏；撤销南蛮校尉，将其所属部队调回建康。
不久，荆州和扬州因为这种变动而财力消耗剧增，尚书令何尚之请求重新恢复这二州原来的管辖之地，孝武帝不允许。
孝武帝对皇室的力量不断强大深为厌恶，更不想让自己的臣属们把持着大权，太傅刘义恭看准了他的心思，所以请求撤掉录尚书事，孝武帝下令批准。
镇北大将军、南兖州刺史沈庆之请求告老还乡，朝廷不许，还给他加官进爵。沈庆之坚决辞让，几十次上奏章，同时，又当着孝武帝的面自己陈说，言辞恳切，甚至于到了叩头哭泣的地步，孝武帝无法改变他的意志，只好让他以始兴公爵的身份回到自己的私宅养老，并优厚地供给他的用度和俸禄。
不久，孝武帝想要再次起用沈庆之，就派何尚之前往去劝说。何尚之一次次地反复陈述孝武帝的想法，沈庆之笑着对何尚之说：“沈公不至于效仿何公，离开了又再次回去。”何尚之听后，面有愧色，也就不再去劝说沈庆之。
