#2020.2.3 R语言|Practice3
今日学习内容一览
一、Jimmy 生信技能树B站P10-P13（课上积累）
二、今日学徒任务(待续)
三、TCGA数据的差异分析学习
二、今日学徒任务（已完成差异分析和生存分析）
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使用网页工具UCSC Xena下载TCGA数据并制作差异分析箱线图
使用原始数据点击网页上的差异分析图标进行制作：
差异分析.png
去掉Metastatic和Recurrent Tumor两个不相干的类型得到：
差异分析2.jpeg
- 使用网页工具UCSC Xena进行生存分析
Launch Xena
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Search for a study
(填写相应感兴趣的癌症类型:TCGA Colon and Rectal Cancer (COADREAD))
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First variable(筛选变量1)
Select Phenotypic- sample_type
Add gene
（在输入框中填写相应感兴趣的基因:APOC1)
Select Genomic-gene expression RNAseq-illuminaHiSeq
经历三个ABC筛选块后可以得到如下图所示界面：
筛选前.png
因为对于生存分析我们只关心Primary Tumor病例样本，所以我们需要把其他类型都过滤掉。
筛选前，一共有736个样本：
736.png
第一次筛选——!=null
第一次筛选后，还剩434个样本：
434.png
第二次筛选：!=Recurrent Tumor
第二次筛选后，还剩380个样本：
WeChat9880877d6fe5d228090eba78b729ab05.png
和筛选前相比 可以看到sample_type只剩下Primary Tumor
筛选后.png
使用此时的数据绘制生存分析
OS(Overall survival)
overall survival.jpeg
DFI(Disease free interval)
disease free survival.jpeg
- 使用网页工具Oncolnc绘制生存分析（KM）图表
- 首先选择感兴趣的基因
- 其次选择感兴趣的癌症
- 填写高表达量和低表达量的相应百分比
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得到生存分析图：
on.jpeg
