CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下：
——2019.10.16. 更新——
CGenFF程序可以直接生成Charmm力场的分子拓扑文件，但使用较为复杂，特此记录一下。
使用流程
制作CGenFF专属.str文件
制作.mol2格式的坐标文件，氢原子也包含在内。不推荐使用MS软件，其产生的.mol2文件在程序中会出现警告。GView产生的.mol2文件需删除两个空行，必要的话可以进行sed -i 's/Ar/ar' *.mol2修改大小写。其他软件详见FAQ。
在CGenFF网站上传.mol2文件，此处有三个复选框：
- Guess bond orders from connectivity
- Include parameters that are already in CGenFF
- Use CGenFF legacy v1.0
一般情况下都不用选。选项意义如字面所言。选项一重新判断键价，有一定概率出错，如果时用于其他软件的拓扑，不用选择。选项二会将原力场中已包含的信息一并列出，在后续格式转换的过程中可能会出现重复。
.str文件中会有一个penalty值，该值小于10表明结果较好，在10到50之间则说明需要进行一定的验证，大于50则需要更广泛的验证。
转换为Gromacs格式
格式转换需要用到cgenff_charmm2gmx.py，同时预先下载好Gromacs的Charmm力场文件。
运行改程序的命令为：
python cegnff_charmm2gmx.py RESNAME drug.mol2 drug.str charmm36.ff
python应该使用2.*版本
RESNAME为残基名称，在.str文件中见"XXX 0.000!"字段中的XXX
drug.mol2为.mol2文件
drug.str为.str文件
charmm36为力场文件夹的名称，此处力场版本最好与CGenFF程序中的保持一致，常用为4.0版本
其他事项
.mol2文件基本格式
@<TRIPOS>MOLECULE
残基名称
原子个数 键数 残基数
type: SMALL BIOPOLMER PROTEIN NULEIC_ACID SACCHARIDE
charges: NO_CHARGES MMFF94_CHARGES USER_CHARGES GSDTELIGER等
@<TRIPOS>ATOM
原子信息
@<TRIPOS>BOND
成键信息
...
常见错误
Q：转换格式时出现错误："Error in atomgroup.py: read_mol2_coor_only: no. of atoms in mol2 (%d) and top (%d) are unequal"
A：通常由于.mol2文件与.str文件中的残基名称不一致导致。
