vcftools过滤

vcftools --vcf E214aa_merge.haplot.vcf --minDP 8 --recode --recode-INFO-all --out E214aaa.merge.miDP8

这里做一个记录，当我们用vcftools过滤测序深度的后， GT:AD:DP:GQ:PL  这一部分基因型值会将测序深度不够的标注为  “./.” 这时候如果我们想删除这些，用grep反选就可以

!grep -vE '\./\.' EMS214.clean.result > EMS214.clean2.result


未删除之前


删除之后
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